ggsurvfit包是完全兼容ggplot2图形系统语法的,是我最推荐的一个绘制KM曲线的R包,可以深度定制生存曲线。 library(ggsurvfit) fit <- survfit2(Surv(time, status) ~ sex, data = df_lung) fit %>% ggsurvfit() 对于普通的生存曲线来说,学习下上面的...
完成了cox回归分析及K-M生存曲线绘制,再来ROC曲线分析(受试者工作特征曲线 (receiver operating characteristic curve,简称ROC曲线),看一下我们分析出的生存相关基因作为判断生存指标的敏感性和特异性如何。 继续用前面的数据,载入R包及数据: library(survival) td=read.table("UniCoxSurSigGeneExp.txt",header=T,se...
本文主要介绍生存曲线的绘制。 1、加载R包并导入数据 library(survival) library(survminer) data(kidney) head(kidney) id time status age sex disease frail 1 1 8 1 28 1 Other 2.3 2 1 16 1 28 1 Other 2.3 3 2 23 1 48 2 GN 1.9 4 2 13 0 48 2 GN 1.9 5 3 22 1 32 1 Other 1.2 ...
如果想更加通俗的了解生存率/生存曲线/乘积极限法等概念,可以看画说统计 | 生存分析之Kaplan-Meier曲线都告诉我们什么,比教科书版的解释通俗易懂多啦 最后来看下如何用R来做生存分析 先加载必要的两个包 library('survival') library('survminer') 使用R包自带的测试数据 data('lung') > head(lung) inst time ...
R语言绘制的曲线如下图所示: 三、利用在线网站绘制 1.进入风暴统计网站 首先电脑端使用浏览器打开网址“www.medsta.cn”,进入风暴统计平台,然后进入风暴智能统计模块——生存分析——生存分析全套。 生存分析:生存分析全套 2.导入数据 目前网站支持导入10M以内的csv数据或xlsx数据。
最后来看下如何用R来做生存分析 先加载必要的两个包 library("survival") library("survminer") 使用R包自带的测试数据 data("lung") > head(lung) inst time status age sex ph.ecog ph.karno pat.karno meal.cal wt.loss 1 3 306 2 74 1 1 9...
r语言生存曲线 r语言生存曲线怎么绘制 这里介绍生存曲线的绘制,对于生物医学领域来说,文章中很常见的图。 一.数据处理 数据格式是这样的。 数据第A列是病人ID,B到I列临床信息,其他列是病人的标准化后的基因表达数据。 我们只需要左侧红框的临床数据和一列基因表达数据。
一、 安装和加载R包 绘制Kaplan-Meier生存曲线需要安装R包：survminer和survival。install.packages("survminer")install.packages("survival")library(survminer)library(survival)二、导入内置数据集 我们使用survival包的lung数据集进行演示。data(lung) # 加载lung数据集 View(lung) # 查看数据集 str(lung)三、拟合...
#设置工作路径,加载相关R包 setwd("D:/RworkDir") library(survminer) library(survival) library(openxlsx) #导入数据 survival<-read.xlsx("survival.xlsx",sheet=1) #生存函数拟合 fit <- survfit(Surv(Time,Case) ~ PD, data = survival) fit ...
R软件RISCA 包的ipw.survival命令可以通过逆概率加权法实现校正生存曲线，ipw.log.rank命令可以实现校正Log-rank检验。二、所用数据集介绍 使用来自DIVAT队列的法国肾移植受者的数据集，数据集名称（dataDIVAT2）。变量 age：移植受者的年龄（以年为单位）。hla：人类白细胞抗原，供体和受体之间至少4个HLA不相容的...