1.1 用survivalROC即可,载入R包: library(survivalROC) 1.2 主要是用survivalROC函数,开始分析: par(mar= c(5,5,1,1),cex.lab=1.2,cex.axis= 1.2) #先设置一下图形的边界 sROC=survivalROC(Stime=td$surtime, # 生存时间 status=td$surstat, # 生存状态 marker = td$gene87, #选择gene87 predict.tim...
生存分析是绝大部分医学研究都绕不开的。R语言绘制生存曲线并不难。话不多说,代码如下: library(readxl) # 使用RStudio软件的导入数据功能 library(survminer) # 加载包 library(survival) # 加载包 data <- read_excel("SampleData.xlsx",sheet = "Sheet1")#读取数据 attach(data) # 绑定数据集 Surv(OS,...
• fit # 拟合的生存曲线对象,就是前面拟合的数据 • data # 用来拟合生存曲线的数据集,如果没有提供,那么数据将从'fit'对象中提取。 • fun # 常用三个字符参数;"event"绘制累计风险概率图 (f(y)=1-y);"cumhaz"绘制累计风险(HR),"pct"绘制生存概率(用百分比表示) • color # 设置生存曲线的颜...
surv_obj<-Surv(data$time,data$status)# 创建生存对象fit<-survfit(surv_obj~1)# 拟合生存曲线 1. 2. 4. 绘制生存曲线 现在,将生存曲线可视化。我们使用plot()函数来完成这一任务。 plot(fit,xlab="Time",ylab="Survival Probability",main="Survival Curve")# 绘制生存曲线 1. 5. 添加生存曲线的置信...
ls(colon) 得到如下图: #创建生存对象 fit <- survfit(Surv(time, status)~rx, data=colon) #level()是为了看分组水平情况,以确定对照组,一般level()之后第一个为对照组 levels(colon$rx) ggsurvplot(fit,risk.table=TRUE,#生存统计统计表 conf.int=TRUE,#添加置信区间带 ...
在R语言中绘制生存曲线是生存分析中的一个重要步骤。以下是使用R语言绘制生存曲线的详细步骤和代码示例: 1. 准备生存分析数据 生存分析数据通常包含两个关键变量:生存时间(time)和事件发生指示变量(status)。这里我们可以使用R中的内置数据集,如lung数据集,它包含了肺癌患者的生存数据。 2. 安装并加载必要的R包 我...
使用survminer包绘制生存曲线 # 安装并加载所需的R包 #install.packages("survminer") # 安装survminer包 library(survminer) # 加载包 ## Warning: package 'survminer' was built under R version 3.6.3 ## Loading required package: ggplot2 ## Warning: package 'ggplot2' was built under R version 3.6...
这里绘制Kaplan-Meier(K-M)曲线的目的是为了比较不同手术方式下,患者的生存差异。 二、利用R语言绘制 1.安装加载R包并导入数据 绘制K-M曲线主要用到"survival"与"survminer"两个包,"readxl"包仅在导入xlsx形式数据集时用到。 install.packages("survival")install.packages("survminer") ...
首发于公众号 R语言小站 在R 语言中,可以使用 survival 包中的函数来进行Kaplan-Meier生存分析并绘制生存曲线。以下是一些基本步骤: 准备数据:将生存分析所需的数据整理为一个数据框,包括每个病人的生存时间(time),是否发生事件(status)以及其他相关变量。
一、 安装和加载R包 绘制Kaplan-Meier生存曲线需要安装R包：survminer和survival。install.packages("survminer")install.packages("survival")library(survminer)library(survival)二、导入内置数据集 我们使用survival包的lung数据集进行演示。data(lung) # 加载lung数据集 View(lung) # 查看数据集 str(lung)三、拟合...