这些研究验证了纳米孔用于糖测序的可行性。基于此,团队在前期受邀发表的Perspective文章中,首次正式提出了纳米孔糖测序技术的概念,并系统性地提出潜在的糖测序技术路线(Chem.Sci. 2024)。 近期,攻关团队基于前期工作,联合南京大学龙亿涛教授(电...
案例一:上海农业科学院在微生物领域的《Frontiers in Microbiology》发表真菌基因组denovo测序+比较基因组学分析助力猪肚菇基因组特征研究 研究材料与方法 1.实验材料:野生猪肚菇菌株驯化而来的“Shen Xun 1 Hao” 2.测序平台:Illumina NovaSeq+PacBio 3.分析内容:真菌基因组近完成图,ANI分析,基因家族分析、单拷贝基...
DNA的测序策略因待测DNA分子的性质、测序方法和测序目的不同而有所不同。只有一小部分的研究需从头测定未知序列,而更多的情况是通过测序对突变(如点突变和缺失)进行定位和鉴定,或证实构建的重组DNA的方向与结构,即对已知序列的确证性测序。 一、确证性测序策略 多数情况下,测序是对已知的核酸序列进行鉴定和证实,即...
混合测序策略正在成为趋势,例如用短读长完成主体测序,在关键区域辅以长读长验证。这种组合策略既能控制成本,又能提高复杂区域的解析度。 样本制备环节常被忽视的质量控制点可能影响最终结果。DNA片段化程度、文库浓度波动、GC含量偏差都会导致覆盖不均匀。建议在预实验中建立样本质量评估标准,特别是对于降解样本或微量...
超低深度测序,适合大规模群体研究的测序策略, 视频播放量 17、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 凌恩生物, 作者简介 学生信,做分析,就上凌波微课!凌波微课是由凌恩生物创建的在线微课堂,旨在通过在线微课程及线下交流,帮助科研工
受物理学中“逆问题”模型的启发，研究团队首次提出“反向测序”原创测序策略，摆脱了对单糖和复杂糖分子电信号指纹图谱的依赖，因此该测序策略不受当前缺乏高分辨率和全面糖指纹数据库的限制。实验检测和真实场景测试结果提示，该纳米孔检测系统适用于糖水解测序，即使糖链水解不完全也不影响测序结果。相关论文信息：https...
小结:生物信息学过滤器可以帮助区分真正的变异和伪变异。不同的UMI过滤器和错误校正策略可以显著减少伪变异,但会降低覆盖度。这可能会减弱对低变异频率真实变异的敏感性。 对于储存几年的标本,FFPE-DNA测序可以可靠且相对容易地进行,用于种系和其他研究,其中等位基因频率低于50%的变异并不重要。在这里,DNA片段化标准...
测序策略 转录组测序上机前需要确定测序文库片段大小以及测序深度,以确保得到合适的结果。目前,通常的转录组测序选择200-300bp的片段大小,采用PE125或PE150进行双端测序。对于测序深度,主要是根据所测物种不同进行估算,通常情况下, 目标物种为细菌,数据量为1-2Gb; 目标物种为真菌,数据量为2-4Gb; 目标物种为真核动...
该研究表明,目前的主流测序平台能够满足MPXV全基因组测序的要求,并准确识别样本中的基因组变异位点。病毒感染样本测序策略的选择应结合样本数量、预期持续时间和成本等因素仔细考虑。对于高病毒载量的样本,如水疱液,mNGS和扩增子测序都可以产生高质量的全长病毒基因组。对于病毒载量较低的样本,如口咽拭子,由于需要大量...
二、线粒体基因组测序策略制定 1、测序技术选择 目前常用的线粒体基因组测序技术包括下一代测序（Next-GenerationSequencing，NGS）和单分子实时测序（Single-MoleculeReal-TimeSequencing，SMRT）等。NGS适用于大规模样本的平行测序，能够快速获取大量的序列数据；而SMRT则具有更高的读长和准确性，适用于复杂度和难度较...