这些研究验证了纳米孔用于糖测序的可行性。基于此,团队在前期受邀发表的Perspective文章中,首次正式提出了纳米孔糖测序技术的概念,并系统性地提出潜在的糖测序技术路线(Chem.Sci. 2024)。 近期,攻关团队基于前期工作,联合南京大学龙亿涛教授(电...
具有双重UMI的文库制备试剂盒特别适用于低多样性的严重受损的FFPE-DNA,但需要进行更深入的测序才能充分利用它们在生物信息学过滤中的潜力。一般来说,FFPE-DNA比未损坏的 FF-DNA 需要更深四倍的测序。如果目标是双端UMI链特异性纠错,则需要非常深的测序(例如5000 - 7500x)。 生物信息学分析 生物信息学分析旨在从...
特别值得指出的是,该研究原创性地提出"反向测序"原理,基于水解前后电信号的特征性变化进行序列判读和解析。基于水解的纳米孔糖测序策略概念验证的完成是研发纳米孔糖测序进程中的关键节点之一。相关内容研究以"Glycan Sequencing Based on Glyc...
DNA的测序策略因待测DNA分子的性质、测序方法和测序目的不同而有所不同。只有一小部分的研究需从头测定未知序列,而更多的情况是通过测序对突变(如点突变和缺失)进行定位和鉴定,或证实构建的重组DNA的方向与结构,即对已知序列的确证性测序。 一、确证性测序策略 多数情况下,测序是对已知的核酸序列进行鉴定和证实,即...
1、定向测序策略 1）传统方法传统方法是用高分伴侣限制酶切图 谱确定小片段的排列顺序，然后将小片段亚克隆进核实的克隆载体并进行序列分析 2）新方法 近年来以下几种方法得到发展 （1）引物引导的序列分析：第一轮DNA分析以载体的通用引物进行酶法测序，接下来每一轮测序反应的引物由上一轮测序反应所获得的DNA片段...
案例一:上海农业科学院在微生物领域的《Frontiers in Microbiology》发表真菌基因组denovo测序+比较基因组学分析助力猪肚菇基因组特征研究 研究材料与方法 1.实验材料:野生猪肚菇菌株驯化而来的“Shen Xun 1 Hao” 2.测序平台:Illumina NovaSeq+PacBio 3.分析内容:真菌基因组近完成图,ANI分析,基因家族分析、单拷贝基...
小结:生物信息学过滤器可以帮助区分真正的变异和伪变异。不同的UMI过滤器和错误校正策略可以显著减少伪变异,但会降低覆盖度。这可能会减弱对低变异频率真实变异的敏感性。 对于储存几年的标本,FFPE-DNA测序可以可靠且相对容易地进行,用于种系和其他研究,其中等位基因频率低于50%的变异并不重要。在这里,DNA片段化标准...
(2)全基因组鸟枪法不需要明确的遗传背景,能快速对基因组测序,费用较低,对计算机的性能要求很高,适用于工作框架图的构建。逐步克隆法需要明确的遗传背景,因此测序速度相对较慢、费用较高,对计算机的性能要求较低,适用于精细图谱的构建。反馈 收藏
基于Edman降解的测序策略。 基本原理:用一种叫异硫氰酸苯酯的试剂,它能专门和蛋白质最前端(N端)的氨基酸结合,然后在一些特殊条件下,把这个氨基酸从蛋白质上切下来,并且变成一种可以很容易被识别和鉴定的物质,再用专门的仪器去分析这个物质,就能知道这个氨基酸是什么。之后,让剩下的蛋白质继续和这种试剂反应,又能...
本文将介绍几种常用的蛋白质一级结构测序策略。 一、质谱法测序 质谱法是一种常用的蛋白质一级结构测序方法。其中最常用的是质谱法结合肽质谱和蛋白质质谱。肽质谱是通过将蛋白质酶解成肽段后进行质谱分析,得出肽段的质量/电荷比。而蛋白质质谱则是通过直接分析整个蛋白质的质量/电荷比,来获取蛋白质的一级结构...