这些研究验证了纳米孔用于糖测序的可行性。基于此,团队在前期受邀发表的Perspective文章中,首次正式提出了纳米孔糖测序技术的概念,并系统性地提出潜在的糖测序技术路线(Chem.Sci. 2024)。 近期,攻关团队基于前期工作,联合南京大学龙亿涛教授(电...
❒ 1. 二代与三代混合组装策略 鉴于PacBio测序技术当前成本仍相对较高，我们提出了一种灵活的基因组组装策略，即根据不同的三代测序深度来制定相应的组装方案。这个策略特别适用于节节麦，其基因组庞大，达到4.36Gb，且其中重复序列的比例超过80%。 为了攻克这一难题，McKusick-Nathans遗传医学研究所的研究团队创...
DNA的测序策略因待测DNA分子的性质、测序方法和测序目的不同而有所不同。只有一小部分的研究需从头测定未知序列,而更多的情况是通过测序对突变(如点突变和缺失)进行定位和鉴定,或证实构建的重组DNA的方向与结构,即对已知序列的确证性测序。 一、确证性测序策略 多数情况下,测序是对已知的核酸序列进行鉴定和证实,即...
案例一:上海农业科学院在微生物领域的《Frontiers in Microbiology》发表真菌基因组denovo测序+比较基因组学分析助力猪肚菇基因组特征研究 研究材料与方法 1.实验材料:野生猪肚菇菌株驯化而来的“Shen Xun 1 Hao” 2.测序平台:Illumina NovaSeq+PacBio 3.分析内容:真菌基因组近完成图,ANI分析,基因家族分析、单拷贝基...
1、定向测序策略 1）传统方法传统方法是用高分伴侣限制酶切图 谱确定小片段的排列顺序，然后将小片段亚克隆进核实的克隆载体并进行序列分析 2）新方法 近年来以下几种方法得到发展 （1）引物引导的序列分析：第一轮DNA分析以载体的通用引物进行酶法测序，接下来每一轮测序反应的引物由上一轮测序反应所获得的DNA片段...
(2)全基因组鸟枪法不需要明确的遗传背景,能快速对基因组测序,费用较低,对计算机的性能要求很高,适用于工作框架图的构建。逐步克隆法需要明确的遗传背景,因此测序速度相对较慢、费用较高,对计算机的性能要求较低,适用于精细图谱的构建。反馈 收藏
做转录组测序前需要知道的那些事 和测序策略根据不同的研究对象,需要选择相应的建库策略。 (1)如果研究的是mRNA,则可以通过富集polyA的方式来调取mRNA,进行建库测序; (2)如果研究的是lncRNA或者lncRNA+mRNA,则可以通过去rRNA试剂盒的方式,去除rRNA后进行建库测序; (3)如果研究对象是smallRNA,则采用sRNA的建库策略...
经济型方案可采用目标区域捕获技术，将测序资源集中在关键基因组区域。测序平台选择直接影响数据特征。Illumina短读长平台在SNP检测上具有高性价比，PacBio或OxfordNanopore长读长技术则更适合结构变异分析。混合测序策略正在成为趋势，例如用短读长完成主体测序，在关键区域辅以长读长验证。这种组合策略既能控制成本，又能...
测序深度(Sequencing Depth)通常用来描述在测序过程中对基因组或基因区域的覆盖程度。它通常以每个碱基被测序的平均次数来表示。换句话说,测序深度越高,就意味着每个碱基被测序的次数越… 杨琪琪发表于每天一点统... 单细胞测序批次效应的产生和规避 实用科研工具推荐 、详实生信软件教程分享、前沿创新组学文章解读、独...
与可用于在文库水平上去除Artefacts的复制策略相反,独特分子标识符(UMI)能够在分子水平上进行生物信息学过滤。 置换分析以确定TOP文库复制策略 双端UMIs在FFPE-DNA测序中的分析使用 小结:对于测序研究,与FF-DNA相比,研究团队推荐采用各种工作流程的改进措施,如更温和的样品单独制备和剪切条件,使用更高的输入量的FFPE-...