▣ 氢键的作用 在评估分子对接结果时，我们不仅需要考虑结合能，还需引入其他评价指标。有人提出，氢键的数量也是一个关键因素。他们主张，在与蛋白结合时，每个小分子都应至少与Hinge形成两个氢键，以确保对接结果的合理性。这也进一步强调了，在分析对接结果的同时，我们还需要深入研究化合物与蛋白之间的构象关系。
氢键的结合能是2—8千卡(Kcal)。氢键是一种比分子间作用力(范德华力)稍强,比共价键和离子键弱很多的相互作用。其稳定性弱于共价键和离子键。 常见氢键的平均键能与键长数据为:
1、氢键结合是一种静电相互作用。在分子间形成氢键时，氢原子所带的部分正电荷与供体原子中的部分负电荷相吸，这种静电相互作用使分子间的势能降低，形成结合能。2、氢键结合会产生一些不同于共价键的额外的热力学稳定性。由于氢键结合需要足够的空间，因此形成氢键的分子通常会呈现出一些特殊的三维构象，...
即便没有氢键连接,只要结合能足够低,也可以作为小分子与靶蛋白质有结合潜力的证据。 个人建议是,如果最低结合能足够低(<-7 kcal/mol),有无氢键都可以进行可视化;如果最低结合能不够稳定(>-5 kcal/mol)且与下一个有氢键的相差值不大,可以考虑选择有氢键的结构;当然,也可以选择最低结合能的结构,这并不排斥。
纯粹氢键作用的复合物也可以用下文的做法通过Multiwfn做AIM拓扑分析得到 透彻认识氢键本质、简单可靠地估计...
Case 1:氢键结合能计算全流程 第一步:静电势分析(Electrostatic Potential Mapping) 氢键的形成与单体的亲电/亲核位点密切相关。首先,我们需要利用量化软件(如Gaussian)计算两单体的静电势(ESP)分布。这一步骤旨在识别单体表面具有正/负电性的区域,这些区域将作为氢键形成的潜在作用点。通过ESP图谱,可以直观判断两单体间...
氢键可以有效支撑聚合物结构,从而提高聚合物的性能。 结合能是一种物理相互作用,指两个原子键或分子键之间的潜在能减少,也可以认为是分子结构恢复最低能量所需的能量。它是化学反应的关键,因为它帮助预测化合物的可能结构,以及它们之间的反应可能性。例如,结合能可以帮助我们理解两个原子之间的化学单键的形成,两种不...
计算氢键的结合能能够揭示分子间相互作用的强度和性质,并有助于理解生物分子的结构和功能。GROMACS软件提供了一种有效的方法来计算和分析氢键的结合能。 2.理论背景(800字): 2.1氢键的定义和分类: 氢键是指一个氢原子同时与两个电负性较高的原子形成非共价相互作用力的情况。根据氢键的形成方式和性质,可以将其分为...
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