氢键的结合能是2—8千卡(Kcal)。氢键是一种比分子间作用力(范德华力)稍强,比共价键和离子键弱很多的相互作用。其稳定性弱于共价键和离子键。 常见氢键的平均键能与键长数据为:
1、氢键结合是一种静电相互作用。在分子间形成氢键时，氢原子所带的部分正电荷与供体原子中的部分负电荷相吸，这种静电相互作用使分子间的势能降低，形成结合能。2、氢键结合会产生一些不同于共价键的额外的热力学稳定性。由于氢键结合需要足够的空间，因此形成氢键的分子通常会呈现出一些特殊的三维构象，...
即便没有氢键连接,只要结合能足够低,也可以作为小分子与靶蛋白质有结合潜力的证据。 个人建议是,如果最低结合能足够低(<-7 kcal/mol),有无氢键都可以进行可视化;如果最低结合能不够稳定(>-5 kcal/mol)且与下一个有氢键的相差值不大,可以考虑选择有氢键的结构;当然,也可以选择最低结合能的结构,这并不排斥。
1、氢键结合是一种静电相互作用。在分子间形成氢键时,氢原子所带的部分正电荷与供体原子中的部分负电荷相吸,这种静电相互作用使分子间的势能降低,形成结合能。2、氢键结合会产生一些不同于共价键的额外的热力学稳定性。由于氢键结合需要足够的空间,因此形成氢键的分子通常会呈现出一些特殊的三维构象,在这种构象中,分...
纯粹氢键作用的复合物也可以用下文的做法通过Multiwfn做AIM拓扑分析得到 透彻认识氢键本质、简单可靠地估计...
计算氢键的结合能能够揭示分子间相互作用的强度和性质,并有助于理解生物分子的结构和功能。GROMACS软件提供了一种有效的方法来计算和分析氢键的结合能。 2.理论背景(800字): 2.1氢键的定义和分类: 氢键是指一个氢原子同时与两个电负性较高的原子形成非共价相互作用力的情况。根据氢键的形成方式和性质,可以将其分为...
氢键是有机化学和无机化学中使用于各种反应中的重要键。 氢键可以定义为由一对极性原子形成的有机键,其中彼此之间结合的双电子键的能量比活性的单电子键的能量更高。由N-H或O-H形成的氢键最为常见,它们之间的结合能比N-O或C-N之间更强。此外,氢键也可以在一种原子中形成,如水中的水分子,它们之间形成总结...
两分子之间由氢键结合，如果求结合能地话，应该如何算叻？由总能量还是自由能？差值为正为负？
氢键表面上有饱和性和方向性:一个H原子只能与两个其他原子结合,X—H…Y要尽可能成直线。但氢键H…Y之间的作用主要是离子性的,呈现的方向性和饱和性主要是由 X和Y之间的库仑斥力决定的。氢键可以在分子内形成,称为内氢键;也可以在两个分子之间形成。分子间的氢键可使很多分子结合起来,形成链状、环状 、层状或...
中,对于氢键结合能的计算M06—2X和uB97X—D泛函较为精确与可靠。且没有必要使用过大的基函 数, 6—311++G(2d,2p)或aug-cc-pVDZ水平的基组就已足够,各类泛函所计算结合能的基组重叠误差(BSSE)均较 小,除∞B97X和∽B97X—D外,其它9种泛函不经BSSE校正也能得到同样甚至更准确的结果. ...