(推荐抗凝剂:EDTA、柠檬酸钠。) 二、组织样本RNA提取准备1、有液氮的条件下 组织样品在离体后,快速用Rnase-free配制的生理盐水或PBS清洗样本表面污渍,吸干表面液体后迅速将样本分割成约100mg(绿豆大小),约10小块左右,将样本放入已标记好名称且预冷好的Rnase-free的螺纹管中(不要将盖子拧死,以免从液氮中取出时破...
混合样本测序一般是选择表型极端或目标性状差异的个体混合,构建一个文库进行测序。 原理: 假设每个样本被测到的概率相等,通过测序reads数计算等位基因频率。如果基因与研究性状有关,那么理想情况下,表型差异显著的混合样本中,该基因等位基因频率差异显著。 不足: 大群体的等位基因频率才能代表该群体真实的情况,选择少量样...
详细操作步骤参见后续章节(细胞样本的冷冻保存和运输),建议在4周内复苏细胞样本并进行后续的单细胞测序实验。
细胞解离: 目前的样本包括液体样本和组织样本,10x的3 端可以做新鲜的样本,也可以做速冻的甚至是甲醛固定的样本。ATAC只能做细胞核。对于有一些细胞不容易解离或细胞容易解离过度破碎比如:肾脏。不易解离的细胞容易丢失,而敏感的细胞类型容易破碎。 速冻组织样本:细胞完整性差异比较大,需要直接抽屉细胞核 细胞&细胞核的...
免疫磁珠分选CD3+T细胞进行单细胞测序 (P and C et al., 2021) 实验建议 1.对于磁珠分选,阳选、阴选试剂盒的区分和选择尤为重要,需要关注分选试剂的可靠性、分选效率等; 2.预实验估测目标细胞比例,便于正式样本准备; 3.稀有细胞分选可选用采用复合分选法,此种方法主要用于细胞亚群的分选或高纯度细胞分离; ...
北京时间2024年9月30日晚,美国耶鲁大学樊荣团队的白志亮博士等在Cell杂志上发表了题为“Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues”的论文,报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术—...
微生物测序样本准备方法 医口样本类型 农口样本类型 医口常见样本采集方法 粪便样本采集 1)准备好便盆和粪便容器,洗手,带上手套收集新鲜的粪便样本; 2)在实验室将装好受试者粪便样本,立即放在冰上进行分装并标记; 3)用无菌牙签或粪便取样器截取样品中段里部(粪便表层含有肠粘膜脱落细胞),外部容易污染,且接触空气...
作者首先用SNuBar-ATAC标记两个来自于不同物种的细胞系(K562和A20),经混合后进行scATAC-seq文库构建来验证SNuBar-ATAC的准确性,测序发现SNuBar能够正确标记和识别99%的细胞。随后作者又用SNuBar标记了96个不同的样品,发现这些被标记的样品...
比如说某一个样本测序数据量为30M 的 cluster。如果采用双端测序技术,每个cluster从两端都测一次,每次测150bp, 所以就会得到30M * 2=60M的reads数,然后reads数乘以每条read的长度就是我们最后的测序数据量(碱基数),即为60M * 150=9G的碱基数。我们知道了测序数据量是如何计算的,那么问题来了,对于一个测序样本...