2、无液氮的条件下 提前准备好RNase-free的1.5mL的EP管,向其中加入1mL的RNAlater。组织样品离体后,快速用RNase-free生理盐水/PBS清洗样本表面的污渍,并吸干表面的液体,迅速的将样本分割后投入提前准备好的1.5mL的EP管中,使样本完全浸没在液体中,采样的容器应该足够大,避免组织块挤在一起,为避免组织块在运输的过程...
混合样本测序一般是选择表型极端或目标性状差异的个体混合,构建一个文库进行测序。 原理: 假设每个样本被测到的概率相等,通过测序reads数计算等位基因频率。如果基因与研究性状有关,那么理想情况下,表型差异显著的混合样本中,该基因等位基因频率差异显著。 不足: 大群体的等位基因频率才能代表该群体真实的情况,选择少量样...
▪ 扩大了样本范围:能对FFPE细胞和组织,以及PFA固定样本进行单细胞测序分析,而不再受限于是否有新鲜组织可用,可以解锁大量储存在医院以及生物样本库中的 FFPE 样本的宝贵信息。 ▪ 简化了工作流程:FFPE样本比较容易获取,易运输,并且样本收集相对经济成本低。使样本采集更加灵活,实验时间安排更加方便。 ▪ 提升了低...
混合样本测序一般是选择表型极端或目标性状差异的个体混合,构建一个文库进行测序。 原理: 假设每个样本被测到的概率相等,通过测序reads数计算等位基因频率。如果基因与研究性状有关,那么理想情况下,表型差异显著的混合样本中,该基因等位基因频率差异显著。 不足: 大群体的等位基因频率才能代表该群体真实的情况,选择少量样...
组织样本(包括新鲜组织与FFPE样本) 组织标本要求肿瘤细胞含量应在20%以上,样本的采集方式通常使用手术或者穿刺。手术之前须首先进行常规病理诊断,并附病理检测报告,常规组织穿刺样本需使用18或19号穿刺针对病灶进行4次穿刺取样。 ①手术:术后30分钟内的新鲜肿瘤组织标本50mg(黄豆粒大小); ...
速冻保存的组织样本适用于单细胞核的抽提实验,高质量的单细胞核,可用于随后的单细胞核测序(snRNA-Seq)以及单细胞染色质可及性测序(scATAC-Seq)等实验。如因实验时间或实验条件所限,不能立即进行单细胞核抽提实验,可选择将组织样本进行速...
Arc-well 使得对 FFPE 样本进行高通量单细胞 DNA 测序成为可能,虽然该研究主要聚焦于拷贝数变异事件,但他们也在拓展该方法在 DNA 单碱基突变检测方面等的应用,并逐步提高这一方法的通量和分辨率,以及降低该方法的成本。 同时他们正在对更大规模的乳腺癌原发和复发样本进行单细胞测序,借此确定跟复发相关的基因组变异...
满洲里两例病例样本病毒基因测序结果公布：与俄罗斯流行株高度同源 11月26日，内蒙古自治区新冠肺炎疫情防控指挥部召开新闻发布会，通报了满洲里市包某某、孙某某两例病例基因测序的结果。在确诊了包某某、孙某某为本土病例后，内蒙古自治区综合疾病预防控制中心专家到呼伦贝尔市疾病预防控制中心开展基因测序，对确诊包某某...
比如说某一个样本测序数据量为30M 的 cluster。如果采用双端测序技术,每个cluster从两端都测一次,每次测150bp, 所以就会得到30M * 2=60M的reads数,然后reads数乘以每条read的长度就是我们最后的测序数据量(碱基数),即为60M * 150=9G的碱基数。我们知道了测序数据量是如何计算的,那么问题来了,对于一个测序样本...