Hi-C最初是一种低分辨率、高噪声技术,构建100Mb大小的Hi-C库需要几天的时间,另外数据的输出和再现性都很低。然而,Hi-C数据为染色质构象以及基因组结构提供了新的见解,这些应用前景促使科学家在过去十年中持续努力改进这项技术。 在2012年至2015年期间,Hi-C方案进行了几次修改,如采用4-cutter分解或采用更深的...
Hi-C技术是三维基因组学的主要研究方法,新的DLO Hi-C染色体构象捕获技术,采用同时酶切酶连的方式,将DNA接头连接在染色体内切酶切口末端上,然后进行邻近酶连,最后将用MmeI内切酶酶切消化,回收固定大小互作DNA片段,从而大大地降低了背景数据...
Hi-C技术是三维基因组学的主要研究方法,新的DLO Hi-C染色体构象捕获技术,采用同时酶切酶连的方式,将DNA接头连接在染色体内切酶切口末端上,然后进行邻近酶连,最后将用MmeI内切酶酶切消化,回收固定大小互作DNA片段,从而大大地降低了背景数据噪音,获取质量高于传统Hi-C的数据。DLO Hi-C技术还可以用于染色体易位位点筛选。
【Record 】Hi-C技术源于染色体构象捕获 (Chromosome conformation capture, 3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息。2009年,Job Dekker研究团队首次...
高通量染色体构象捕获(Hi-C)是在整个基因组水平上的功能,旨在测序和检测样品中所有可能的三维相互作用,实验流程如下。Hi-C大部分的努力都发生在生物信息学和解释的水平上,这些实验最常用于检查细胞在发育过程中或经过特定治疗后染色质景观的整体变化。 此外,越来越多的混合技术使用“C”方法为核心,例如,“Capture-H...
染色体构象俘获技术是(chromosome conformation capture，3C)通过一种定量手段(PCR产物的有和无、产量的高和低)对DNA之间是否存在相互作用这一定性问题进行研究。主要经过甲醛交联、限制性酶切、稀释和连接、解交联、DNA纯化与PCR鉴定。通过一对分别与选定的2段DNA配对的引物进行PCR扩增，通过PCR产物的有无、...
基因组三维结构在DNA复制,DNA损伤修复,基因转录调控中扮演着重要的角色.Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大,试验成本高,试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发展.为此,我们开发了一种简单经济的染色体构象捕获技术,即DLO Hi-C(digestion-ligation-only ...
中的出现的一些问题,最新的这项研究提供了一种新的DLO Hi-C(digestion-ligation-only Hi-C)染色体构象捕获技术,采用同时酶切酶连的方式,将DNA接头连接在染色体内切酶切口末端上,然后进行邻近酶连,最后将用MmeI内切酶酶切消化,回收固定大小互作DNA片段...
染色体构象俘获技术是(chromosome conformation capture，3C)通过一种定量手段(PCR产物的有和无、产量的高和低)对DNA之间是否存在相互作用这一定性问题进行研究。主要经过甲醛交联、限制性酶切、稀释和连接、解交联、DNA纯化与PCR鉴定。通过一对分别与选定的2段DNA配对的引物进行PCR扩增，通过PCR产物的有无、...