从曼哈顿图可以看到只有3号染色体上有一个很高的峰,这几乎是最理想的GWAS结果。 同样,我们画出相应的qq图: > qq(gwasResults$P) #qq图只需要一列p值的数据 这种翘尾巴的形式也是最理想的qq图结果,可以看到从横坐标大于2开始,GWAS结果的p值与均匀分布的p值就有了明显的差距,说明表型和基因型之间确实存在显著...
曼哈顿图(Manhattan Plot)简介 曼哈顿图(Manhattan Plot) 是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。(大家知道意思就可以了哈~~),样例如下: 曼哈顿图样例 曼哈顿图(Manhattan Plot) R绘制方法 使用R绘制曼哈顿图(Manhattan Plot) 的方法很多,这里主要介绍R-CMplot包的绘制方法,...
abline(h = c(6,8),col =mycol3[2:3], lty = 2) #绘制局部曼哈顿图; par(mgp=c(1.5,0.5,0),mar=c(4,4,2,2)) #指定染色体,选定区域; chr=3 bin=c(300,420) #局部曼哈顿图; manhattan(subset(gwasResults,CHR==chr), chr="CHR", bp="BP", p="P", snp="SNP", logp= T, highlig...
曼哈顿图是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP(来源wiki)。 GWAS中常见的曼哈顿图 在图中每个点代表一个SNP,纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10,横轴为SNP所在的染色体。基因位点的Pvalue越小即-log10(Pvalue)...
曼哈顿图(manhattanplot),因其形似曼哈顿摩天大楼,故俗称为曼哈顿图。本质上是散点图,一般用于展示大量非零的波动数据,y轴高点显示出具有强相关性的位点,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究中,可以一目了然地看基因的频率、分布。 简介: 全局展示数据全貌,快速找到目标位点,同时可以知道目标位点的具体位置,显著性...
曼哈顿图--R可视化 曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。可以R语言中的qqman、CMplot及ggplot2三个包绘制曼哈顿图。 基于qqman包绘制 1、安装、加载R包 安装包#install.package("qqman")#加载包library(qqman) 2、数据...
1.1曼哈顿图 曼哈顿图,Manhattan plot,它是把GWAS分析之后所有SNP位点的p-value在整个基因组上从左到右依次画出来。为了可以更加直观地表达结果,通常都会将p-value转换为-log10(p-value)。这样的话,基因位点-log10(p-value)在Y轴的高度就对应了与表型性状或者疾病的关联程度,关联度越强(即,p-value越低)就越高...
R可视化——曼哈顿图 曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。今天,小编就带大家看一下如何使用R语言中的qqman、CMplot及ggplot2三个包绘制曼哈顿图。 基于qqman包绘制 1、安装、加载R包 #安装包 #install.package("qqman")#加载包library(qqman)...
曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值。曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析（GWAS）研究展示高度相关位点。曼哈顿图用于展示全基因组水平所有SNP与某个性状相关性的Pvalue值。