曼哈顿图(Manhattan Plot)简介 曼哈顿图(Manhattan Plot) 是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。(大家知道意思就可以了哈~~),样例如下: 曼哈顿图样例 曼哈顿图(Manhattan Plot) R绘制方法 使用R绘制曼哈顿图(Manhattan Plot) 的方法很多,这里主要介绍R
曼哈顿图是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP(来源wiki)。 GWAS中常见的曼哈顿图 在图中每个点代表一个SNP,纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10,横轴为SNP所在的染色体。基因位点的Pvalue越小即-log10(Pvalue)...
从曼哈顿图可以看到只有3号染色体上有一个很高的峰,这几乎是最理想的GWAS结果。 同样,我们画出相应的qq图: > qq(gwasResults$P) #qq图只需要一列p值的数据 这种翘尾巴的形式也是最理想的qq图结果,可以看到从横坐标大于2开始,GWAS结果的p值与均匀分布的p值就有了明显的差距,说明表型和基因型之间确实存在显著...
简介: 曼哈顿图(manhattanplot),因其形似曼哈顿摩天大楼,故俗称为曼哈顿图。本质上是散点图,一般用于展示大量非零的波动数据,y轴高点显示出具有强相关性的位点,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究中,…
曼哈顿图(Manhattan plot),在全基因组关联分析(GWAS)中应用较为广泛,用于展示全基因组水平所有SNP与某个性状相关性的P value值。当然,其他结构类似的数据,也可以使用曼哈顿图展示。例如,群体遗传中的选择压力分析,经常用于展示基因组水平下群体的遗传分化指数(Fst)变化。
曼哈顿图(Manhattan plot)是一种常用于基因组关联分析(GWAS)结果可视化的图表形式。它得名于其类似曼哈顿市天际线的形状。 曼哈顿图以染色体上的位置为横轴,统计显著性(通常是负对数P值或-log10(P值))为纵轴。每个SNP(单核苷酸多态性)或基因位点在曼哈顿图上用一个点或标记表示。通常,颜色或形状不同的点用于表示...
对于GWAS分析的结果,最常见的可视化手段就是曼哈顿图了。一个典型的曼哈顿图示例如下 ? 图中的每个点代表一个SNP位点,横坐标是SNP位点在染色体上的位置,纵坐标是关联分析计算出的p值。...曼哈顿图本质上就是一个散点图,绘制方法比较简单,有很多的R包可以直接出图,本
R可视化——曼哈顿图 曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。今天,小编就带大家看一下如何使用R语言中的qqman、CMplot及ggplot2三个包绘制曼哈顿图。 基于qqman包绘制 1、安装、加载R包 #安装包 #install.package("qqman")#加载包library(qqman)...
1. GWAS简介GWAS起源于人类疾病研究，随后扩展到动植物领域，至今已有16年历史。尽管许多关键基因已被发现，但每年仍有许多高影响力的研究。随着多组学技术的发展，GWAS的潜力可能进一步扩大。2. 曼哈顿图与qqmanqqman包的使用简单，通过自带示例数据展示。它以SNP标记、染色体、位置和p值为数据，绘制出...