在胚胎发育过程中,多能细胞通过采用特定的基因表达谱来获得特化的特性。然而,系统地分析mRNA转录和降解对这些谱形成的相对贡献仍然具有挑战性,特别是在具有不同细胞特性的胚胎中。 在该研究中,结合单细胞RNA-Seq和代谢标记来捕获斑马鱼胚胎的时间细胞转录组,其中可以区分新转录的(合子)和预先存在的(母体)mRNA。并引入...
为了系统地识别健康和再生斑马鱼心脏中的细胞类型,作者对损伤前后不同阶段的大约20万个解离细胞进行了scRNA-seq(图1a)。为了准确得到细胞发育起源的相关信息,作者还应用了一种基于CRISPR–Cas9技术的大规模平行谱系追踪方法,通过注射Cas9和针对多拷贝转基因(斑马鱼系中的dTomato:一种用于斑马鱼细胞追踪和谱系分析的多光谱...
同时斑马鱼胚胎经过NAC或2%酒精处理后在120 hpf时用荧光定量PCR对筛选出的差异表达基因进行验证.结果表明酒精处理显著降低了斑马鱼幼鱼肝脏荧光面积,造成肝脏脂肪沉积和脂肪变性,但NAC能够有效抑制这些变化.转录组数据显示酒精处理组与对照组之间共造成843个差异表达基因,酒精处理组中差异表达上调基因有348个,下调基因有495...
上海交通大学医学院斑马鱼样品CUT&TAG和RNAseq 检测及数据分析项目失败公告 一、项目基本情况 项目编号:申购编号:F2024319(采购代理机构内部编号:招案2024-4568) 项目名称:斑马鱼样品CUT&TAG和RNAseq检测及数据分析项目 二、项目失败的原因 经专家评审,通过符合性审查的单位不足三家,本项目采购失败。 三、凡对本...
多重荧光原位RNA杂交链式反应技术(multiplexed fluorescent in situ RNA hybridization chain reaction(HCR)technology)是一种空间转录组学方法,具有高度敏感性、特异性和多路复用性,允许在具有不同探针特异性荧光团的样本中观察多种RNA种类的表达情况。然而,此前对于斑马鱼的研究大部分数据是在早期发育阶段(受精后长达72...
项目名称:斑马鱼样品CUT&TAG和RNAseq检测及数据分析项目 二、项目失败的原因 经专家评审,通过符合性审查的单位不足三家,本项目采购失败。 三、凡对本次公告内容提出询问,请按以下方式联系 1.采购人信息 名称:上海交通大学医学院 地址:上海市重庆南路227号 联系方式:袁老师 021-63846590 2.采购代理机构信息 名称...
空间转录组(Tomo-seq):斑马鱼心房和心室一共100张切片,每张切片分别做RNA-seq 方法:scRNA-seq、Tomo-seq、荧光原位杂交和基于CRISPR-Cas9技术的谱系追踪 研究结果 1. 再生心脏的细胞组成 为了系统地识别健康和再生斑马鱼心脏中的细胞类型,作者对损伤前后不同阶段的大约20万个解离细胞进行了scRNA-seq(图1a)。为了准确...
空间转录组(Tomo-seq):斑马鱼心房和心室一共100张切片,每张切片分别做RNA-seq 方法:scRNA-seq、Tomo-seq、荧光原位杂交和基于CRISPR-Cas9技术的谱系追踪 研究结果 1. 再生心脏的细胞组成 作者首先评估了健康和再生心脏中的细胞类型多样性,单细胞转录组的聚类分析显示了所有主要的心脏细胞类型。正如预期的那样,观察到...