第三步,点击左边的GenBank,把格式改成FASTA,大功告成。 想要提取反义链怎么办?只需再加一步,在右边的Customize view中,勾选Show reverse complement,点击Update View。
parser=argparse.ArgumentParser(description='\n该脚本用于在基因组特定位置截取序列,需额外输入记录有截取序列信息的列表文件',add_help=False,usage='\npython3 seq_select.py -i [input.fasta] -o [output.fasta] -l [list]\npython3 seq_select.py --input [input.fasta] --output [output.fasta] --...
parser = argparse.ArgumentParser(description = '\n该脚本用于在基因组特定位置截取序列,需额外输入记录有截取序列信息的列表文件', add_help = False, usage = '\npython3 seq_select.py -i [input.fasta] -o [output.fasta] -l [list]\npython3 seq_select.py --input [input.fasta] --output [out...
- By default, only the word before the first space or tab is used. 其中-fi 指定基因组fasta文件,-bed 指定要提取序列的位置文件,可以是bed、gff 或 vcf 文件(染色体碱基位置从0开始计数)。 -tab 指定输出格式。 $bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed >CM0043...
bedtools批量提取基因组指定位置序列 bedtools批量提取基因组指定位置序列 之前已经介绍过很多提取序列的方法,有脚本的也有软件的,这里再介绍一种方法。 用到软件是bedtools,具体方法如下: Usage: bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf>...
生信宝典之傻瓜式(一)如何提取指定位置的基因组序列 想要提取拟南芥1号染色体,正义链6666-8888位置的序列?你只需要三步。 第一步,在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体,点开进入下一步。 第二步,在右边的Change region shown中,选择Selected region并输入6666和8888,点击Update View进入下一步。 第三步,...
想要提取拟南芥1号染色体,正义链6666-8888位置的序列?你只需要三步。 第一步,在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体,点开进入下一步。 第二步,在右边的Change region shown中,选择Selected region并输入6666和8888,点击Update View进入下一步。
想要提取拟南芥1号染色体,正义链6666-8888位置的序列?你只需要三步。 第一步,在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体,点开进入下一步。 第二步,在右边的Change region shown中,选择Selected region并输入6666和8888,点击Update View进入下一步。
想要提取拟南芥1号染色体,正义链6666-8888位置的序列?你只需要三步。 第一步,在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体,点开进入下一步。 第二步,在右边的Change region shown中,选择Selected region并输入6666和8888,点击Update View进入下一步。
想要提取反义链怎么办?只需再加一步,在右边的Customize view中,勾选Show reverse complement,点击Update View。 image 小编经常提取,提取指定位置的基因组序列,都是先找到序列所在的染色体,再从染色体上相关的基因,然后再去定位序列的位置,在手工筛选。本文总结的比较好,转载学习下!(转自:生信宝典)其他的小技巧博文...