只需再加一步,在右边的Customize view中,勾选Show reverse complement,点击Update View。
parser=argparse.ArgumentParser(description='\n该脚本用于在基因组特定位置截取序列,需额外输入记录有截取序列信息的列表文件',add_help=False,usage='\npython3 seq_select.py -i [input.fasta] -o [output.fasta] -l [list]\npython3 seq_select.py --input [input.fasta] --output [output.fasta] --...
生信宝典之傻瓜式(一)如何提取指定位置的基因组序列 想要提取拟南芥1号染色体,正义链6666-8888位置的序列?你只需要三步。 第一步,在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体,点开进入下一步。 第二步,在右边的Change region shown中,选择Selected region并输入6666和8888,点击Update View进入下一步。 第三步,...
只需再加一步,在右边的Customize view中,勾选Show reverse complement,点击Update View。 image 小编经常提取,提取指定位置的基因组序列,都是先找到序列所在的染色体,再从染色体上相关的基因,然后再去定位序列的位置,在手工筛选。本文总结的比较好,转载学习下!(转自:生信宝典)其他的小技巧博文链接我也转载过来! 生信...
接下来我们期望基于gff文件中对这些基因位置的描述,在全基因组序列fasta文件中将这些基因找到并提取出来,得到一个新的fasta文件,新文件中只包含目的基因序列。 请使用python3编写一个可以实现该功能的脚本。 示例 一个示例脚本如下(可参见网盘附件“seq_select1.py”)。
其中-fi 指定基因组fasta文件,-bed 指定要提取序列的位置文件,可以是bed、gff 或 vcf 文件(染色体碱基位置从0开始计数)。 -tab 指定输出格式。 $bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed >CM004359.1:0-10 gtttagggtt ...
想要提取拟南芥1号染色体,正义链6666-8888位置的序列?你只需要三步。 第一步,在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体,点开进入下一步。 第二步,在右边的Change region shown中,选择Selected region并输入6666和8888,点击Update View进入下一步。
其中-fi 指定基因组fasta文件,-bed 指定要提取序列的位置文件,可以是bed、gff 或 vcf 文件(染色体碱基位置从0开始计数)。 -tab 指定输出格式。 $bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed >CM004359.1:0-10 gtttagggtt ...