使用seqkit拆分fastq文件的命令可能如下: bash seqkit split2 -2 input.fastq.gz -o prefix 这条命令会将双端测序的fastq文件拆分成两个文件,文件前缀由-o参数指定。 5. 验证拆分后的数据完整性和准确性 在拆分完成后,应该验证拆分后的数据是否完整且准确。这通常涉及到对拆分后的文件进行质量检查,确保没有...
在NCBI下载的转录组数据 本来是双端测序数据,但是不知道为啥read1 和 read2是在一个文件里,拆分的话可以使用seqkit这个工具 参考链接 https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#grep seqkit grep-n-r-p1$SRR16509471.fastq.gz-oSRR16509471_1.fastq.gz seqkit grep-n-r-p2$SRR16509471.fastq.gz-oSRR16509471...
2 利用barcode(接头)将压缩文件进行拆分 python -m barcode_splitter --bcfile Barcode-1_singlecol.txt ./C9DLHANXX_1_fastq.gz --prefix ./file1/ --suffix ".fastq" --gzipout --idxread 1 参数详解: --bcffile 后面跟着barcode文件,主要是个体一列,barcode一列,barcode的长度要一样 第二个文件就是...
-r2为read2.fq.gz文件 -e 为容错碱基个数(默认单端1个碱基,双端2个碱基) -rc 是否生成barcode反向互补序列,默认Y -c 是否压缩,默认Y -o 输出结果目录 -h 帮助 -s 样本表文件 程序调用示例 Example: # 双端测序数据拆分 perl splitBarcode.pl -r1 read1.fq.gz -r2 read2.fq.gz -e 2 -f 101 ...
-1, 测序正向fastq序列,fastq文件,支持gz压缩文件-2, 测序反向fastq序列,支持gz压缩文件-b, barcode的文件-d, 输入文件目录;-l, barcode 序列长度(如长度大小不一致,填写最短的序列长度),默认5; barcode 文件格式 (制表符分隔:共三列,第一列为样本名,第二列为正向barcode,第三列为反向barcode) ...
以上,就是illumina数据拆分的基本过程,结果得到FASTQ文件(每个样本2个),后续分析都是基于这些文件的。 Demultiplexed/ ├── wenku1_S1_L001_R1_001.fastq.gz ├── wenku1_S1_L001_R2_001.fastq.gz ├── wenku2_S2_L001_R1_001.fastq.gz ...
-1, 测序正向fastq序列,fastq文件,支持gz压缩文件-2, 测序反向fastq序列,支持gz压缩文件-b, barcode的文件-d, 输入文件目录;-l, barcode 序列长度(如长度大小不一致,填写最短的序列长度),默认5; barcode 文件格式 (制表符分隔:共三列,第一列为样本名,第二列为正向barcode,第三列为反向barcode) ...
以上,就是 illumina 数据拆分的基本过程,结果得到 FASTQ 文件(每个样本 2 个),后续分析都是基于这些文件的。 代码语言:javascript 复制 Demultiplexed/├── wenku1_S1_L001_R1_001.fastq.gz ├── wenku1_S1_L001_R2_001.fastq.gz ├── wenku2_S2_L001_R1_001.fastq.gz ...
-1, 测序正向fastq序列,fastq文件,支持gz压缩文件-2, 测序反向fastq序列,支持gz压缩文件-b, barcode的文件-d, 输入文件目录;-l, barcode 序列长度(如长度大小不一致,填写最短的序列长度),默认5; barcode 文件格式 (制表符分隔:共三列,第一列为样本名,第二列为正向barcode,第三列为反向barcode) ...
fastq-dump使用--split-files来替代--split-3 ,就可以生成3个文件。第1个文件的所有序列都是8bp,第2个文件26bp,第3个文件91bp,判断第3个文件时包含测序reads的文件。 ### 单个SRA数据拆分(测试) ### # fastq-dump为-A为指定文件名, --gzip为输出.gz压缩文件 fastq-dump --gzip --split-files -A ...