Part III 跑GATK，使fastq转化为vcf 这一部分的输入文件就是WGS测序的fastq文件，比如是三个人的细胞的...
在NCBI下载的转录组数据 本来是双端测序数据,但是不知道为啥read1 和 read2是在一个文件里,拆分的话可以使用seqkit这个工具 参考链接 https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#grep seqkit grep -n -r -p 1$ SRR16509471.fastq.gz -o SRR16509471_1.fastq.gz seqkit grep -n -r -p 2$ SRR16509471....
2 利用barcode(接头)将压缩文件进行拆分 python -m barcode_splitter --bcfile Barcode-1_singlecol.txt ./C9DLHANXX_1_fastq.gz --prefix ./file1/ --suffix ".fastq" --gzipout --idxread 1 参数详解: --bcffile 后面跟着barcode文件,主要是个体一列,barcode一列,barcode的长度要一样 第二个文件就是...
因此需要颠倒两测序文件进行二次拆分mkdir fastq_multx_output-2./fastq-multx/fastq-multx -B barcode.txt -m 1 -b itaq.2.fastq itaq.1.fastq -o %.R1.fastq -o %.R2.fastq# 合并两次拆分
1、该文件上传到的源头storage - 源头storage只要存活着,肯定包含这个文件,源头的地址被编码在文件名中。 2、文件创建时间戳==storage被同步到的时间戳 且(当前时间-文件创建时间戳) > 文件同步最大时间(如5分钟) - 文件创建后,认为经过最大同步时间后,肯定已经同步到其他storage了。
1.如果要分割的文件，使用split：split -l 500 all all 将文件拆分成每个具有500线的几个文件。如果您想将文件分割成4个文件差不多大小的，用这样的：split -l $(( $( wc -l < all ) / 4 + 1 )) all all 2. 直视split命令，它应该做你想做的（及以上）：split --help Usage: ...
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进行分段、错配碱基替换以及合并处理后生成新的序列,以新的序列为键、样品ID为值构建表三;构建表四包括:输出文件的序号、对应输入FASTQ文件序号、该文件输出序列的起始位置和长度;以每4行为一条序列,同时遍历各个FASTQ文件,基于表一、表二、表三和表四对每个单位序列进行拆分,解决现有技术中缺少一种通用的拆分方案的...
一个SRA格式的转录组数据大概在3G左右,使用hisat2比对可直接使用SRA作为输入文件;但如果使用BWA比对,则必须转换成fastq格式。pfastq-dump支持多线程拆分,相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。 1. github下载 git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcdpfastq-dump/ ...
1、本说明书一个或多个实施例描述了一种fastq文件的测序数据拆分方法,能够对mobinova单细胞平台下机的3’rna及5’rna数据进行数据分析。 2、第一方面,本说明书实施例提供了一种fastq文件的测序数据拆分方法,包括: 3、接收并解析fastq文件,获得包含依次排序的barcode 1序列、w1序列、barcode2序列和umi序列的read 1数...