在NCBI下载的转录组数据 本来是双端测序数据,但是不知道为啥read1 和 read2是在一个文件里,拆分的话可以使用seqkit这个工具 参考链接 https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#grep seqkit grep -n -r -p 1$ SRR16509471.fastq.gz -o SRR16509471_1.fastq.gz seqkit grep -n -r -p 2$ SRR16509471....
--bcffile 后面跟着barcode文件,主要是个体一列,barcode一列,barcode的长度要一样 第二个文件就是要拆分的fastq文件 --prefix 这个代表文件要存储的位置,另外也可以加前缀名字 --suffix 这个代表要加的扩展名 --gzipout 这个参数是否添加为压缩文件 --idxread 1 这个是说第一个文件需要被拆分 3 其他参数可以查...
fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 pfastq-dump...
1.如果要分割的文件，使用split：split -l 500 all all 将文件拆分成每个具有500线的几个文件。如果您想将文件分割成4个文件差不多大小的，用这样的：split -l $(( $( wc -l < all ) / 4 + 1 )) all all 2. 直视split命令，它应该做你想做的（及以上）：split --help Usage: spli...
1、该文件上传到的源头storage - 源头storage只要存活着,肯定包含这个文件,源头的地址被编码在文件名中。 2、文件创建时间戳==storage被同步到的时间戳 且(当前时间-文件创建时间戳) > 文件同步最大时间(如5分钟) - 文件创建后,认为经过最大同步时间后,肯定已经同步到其他storage了。
进行分段、错配碱基替换以及合并处理后生成新的序列,以新的序列为键、样品ID为值构建表三;构建表四包括:输出文件的序号、对应输入FASTQ文件序号、该文件输出序列的起始位置和长度;以每4行为一条序列,同时遍历各个FASTQ文件,基于表一、表二、表三和表四对每个单位序列进行拆分,解决现有技术中缺少一种通用的拆分方案的...
Part III 跑GATK，使fastq转化为vcf 这一部分的输入文件就是WGS测序的fastq文件，比如是三个人的细胞的...
fastq-multx seqtk_demultiplex 在拆分数据时无法设置 barcode 允许的错配碱基数,fastq-multx 中可以设置其参数。 fastq-multx 安装 git clone https://github.com/brwnj/fastq-multxcd fastq-multxmake fastq-multx 参数 -o, 输出文件,一个输入文件一个输出文件流,格式: %.R1.fq.gz, %为barcode对应的样本名...
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3、目前常用的fastq文件拆分工具有starsolo、alevin、alevin-fry、cell ranger等。starsolo是rna-seq文库比对工具star的模块之一,其可以处理从单细胞转录组fastq数据比对开始到细胞基因定量的全部流程。starsolo本身对于输入的fastq文件质量要求较高,不同单细胞转录组文库需要经过不同的个性化预处理后,才可运用starsolo进行...