SRR是NCBI Sequence Read Archive(SRA)数据库中使用的一种文件格式,用于存储高通量测序数据。SRR文件包含已压缩的测序数据和元数据信息,可以使用SRA工具包中的fastq-dump等工具进行解压和处理。 这里使用fasterq-dump 因为其可以使用多个线程来解压数据,速度非常快(-e 16 使用16个线程)。 #conda安装软件conda install ...
而10x上游使用Cellranger软件需要3个fastq文件...(参见生信技能树 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 ) 没办法,只能继续先下载SRA文件,再用fasterq-dump(--split-files --include-technical 参数)或fastq-dump、 parallel-fastq-dump(--split-files参数)转成三个fastq文件。(如果有更好办法,欢迎评论区留...
从运行情况看,多线程应该是将sra文件分成多块读入内存利用多线程并行处理。 从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内核模式来看(Kernel Mode)来看,fasterq-dump花了更多时间在调用底层硬件上,例如分配内存地址。fastq-dump基本上稳定在一个线程,而fasterq-dump尽管指定了20个线程,但平...
注意,这里下载的SRA文件没有.sra后缀,格式转换前需要先改名,再用parallel-fastq-dump转换为fastq.gz文件(否则parallel-fastq-dump会误认为要下载该SRR数据 ),最终生成3个FASTQ文件: (至于为什么选择parallel-fastq-dump呢,请参见fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump处理SRA文件的速度比较 - 简书 (jianshu....
fastq-dump --split-3 SRRXXXXX.sra 方法2 cat data.txt | while read id;do (fasterq-dump -O ./ --split-files -e 2 ./$id --include-technical);done 方法3 参考 《RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗》》https://cloud.tencent.com/developer/article/2032035这个真是绝绝子了...
sra转化为fastq文件可以使用sratoolkit中的fastq-dump命令。 fastq-dump --split-3 filename其中--split-3参数代表着如果是单端测序就生成一个 、.fastq文件,如果是双端测序就生成_1.fastq 和*_2.fastq 文件。 进入到sra文件中我们可以用下述代码进行批量的格式转化:...
在 SRA 里搜索，得到这些样本的SRR号，然后用 prefectch 或者fasterq-dump工具就能下载Download SRA ...
其转化依赖于fasterq-dump或fastq-dump,因此安装前注意要下载sra-tools:conda install -c bioconda sra-tools 还要注意其他依赖条件有python3环境、sra-tools版本大于2.9、pigz和wget 1 下载安装 conda安装: conda install grabseqs-c louiejtaylor-c bioconda-c conda-forge ...
ls -d SRR* | while read id;do ( nohup fasterq-dump -O ./ --split-files -e 2 ./$id --include-technical & );done # 3.2.批量将fastq文件压缩成fastq.gz文件 ls *fastq |while read id;do (nohup gzip $id &);done 注: 3.1中“ls”命令后需要添加“-d”参数不加“-d”参数管道符传递...
### Step2:perfetch 数据下载和解压 # Step2.1 perfetch 下载 $ cat down.txt | while read id; do echo $id; ( nohup prefetch $id --max-size 200G & ); done # Step2.2 faster-dump解压 ls *.sra | while read id; do echo $id; ( nohup fasterq-dump -e 16 --split-files -O ./ ...