（1）技术流程扩增子测序流程是先对环境样本提取的总DNA进行特定区域PCR扩增富集、建库测序，全长扩增子测序原理请看--（超链接：微生物测序专题 | 全长扩增子测序技术介绍），再进行数据质控与生物信息分析环境中的微生物群落多样性。（2）数据分析随着扩增子测序技术在生物学研究中的广泛应用，数据处理和分析成为关...
Introduction 扩增子测序是一种主要用于研究微生物群落结构的分子生物学技术。它主要用于分析环境样本中的微生物群落,特别是对细菌和古菌的16S rRNA基因以及真菌的18S rRNA基因进行测序。这项技术广泛用于研究土壤、水体、空气、生物体内等不同环境中微生物的多样性和丰度。 基本步骤: DNA提取:从样本中提取总DNA。 目标...
可变区和测序选择 目前针对扩增子测序可选择的测序平台和方案很多,不同平台的读长和适用的测序区段以及优势各有不同。16s测序主要的测序区段包括V4、V3V4,V1V2,V6,此外还有全长等不同的区段选择,不同可变区或全长由于引物的不同以及不同种属相应区段内的变异多样性差异,对菌属的丰度评估会有一定的差异。 从...
如果说扩增子是初步探究样本种微生物群落分布,宏基因组则能更加全面揭示群落物种的功能,而宏转录组可以在RNA水平解析微生物基因表达谱。三个技术相互结合使用,可以更好的解释肠道中“存在哪些微生物,微生物能做什么,以及微生物正在做什么”的问题,帮助科学家更全面的了解肠道微生物的组成以及对宿主生命健康的影响。
关联高端霸气上档次的单细胞转录组技术,扩增子研究依旧可以焕发新生机,重回高大上。 近日,檀国大学在《communications biology》上最新发表的文章打破了传统微生物组分析的界限,利用16s扩增子和单细胞转录组测序技术,在获取肠道微生物群落结构的同时,从单细胞层面挖掘了UC病患的异质性和复杂性,为UC宿主细胞与肠道微生物...
扩增子相关的分析推送已经分享了一大半了 今天继续给大家带来β多样性分析 希望各位科研汪即将迎接收获 废话不说,开始我们今天的主题介绍 关于β多样性分析 β多样性(Beta Diversity)是指不同样品间的生物多样性的比较,是对不同样品间的微生物群落构成进行比较。β多样性分析...
病原微生物基因检测的两大核心任务是物种组成和功能组成的鉴定,而扩增子测序的首要目的是找到致病的细菌或者病毒,即鉴定物种组成。 经过质量控制,测序数据中已经不包含非生物的异常序列了,下面我们用vsearch[1]软件完全后续分析。 1.去重(dereplication) 同一对引物的扩增产物,理论上应该是完全一样的,这些冗余的信息会...
1、VSEARCH:最简单易学的扩增子分析流程 2、Yong-Xin Liu, Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun...
比起全基因组水平的研究,目标区域扩增子测序更具有针对性,对客户指定位点,特异性设计扩增引物,经过引物优化及修饰,通过特异性PCR捕获所有位点。 2)信息量大 目标区域扩增子测序可以完整覆盖整个基因区域,能检测到编辑后产生的Indel情况,可进行下游切割产物分析。