扩增子测序是一种专门用于表征生物体内特定基因组区域或保守区域,并研究其遗传变异的测序方法。 与需要覆盖整个基因组的全基因组测序不同,扩增子测序采用聚合酶链式反应(PCR)技术,有选择性地扩增感兴趣的基因区域并进行测序。通过PCR,目标DNA区域得以放大,生成多个目标DNA的拷贝,即所谓的“扩增子”。 作为一种靶向测序...
然而,相较于扩增子测序,WGS的数据量较大,数据处理和分析相对复杂,且成本较高。 扩增子测序技术流程及数据分析 (1)技术流程 扩增子测序流程是先对环境样本提取的总DNA进行特定区域PCR扩增富集、建库测序,全长扩增子测序原理请看--(超链接:微生物测序专题 | 全长扩增子测序技术介绍),再进行数据质控与生物信息分析...
一、关于扩增子β多样性分析 β多样性（Beta Diversity）是指不同样品间的生物多样性的比较，是对不同样品间的微生物群落构成进行比较。β多样性分析通常由计算环境样本间的距离矩阵开始，对群落数据结构进行自然分解，并通过对样本进行排序（Ordination），从而观测样本之间的差异。β多样性与α多样性一起构成了总体多...
干货‖扩增子—α多样性分析 往期中我们已经分享过扩增子物种注释四部曲、扩增子物种群落分析、扩增子里的C位——OTU君，今天的主角儿依旧是扩增子。很高兴地告诉大家，下面要介绍的这篇干货也是美格基因技术支持们的杰作哦，一起来欣赏扩增子—α多样性分析。一、α多样性的概念 一个特定区域生态环境下的物种数目，...
病原微生物基因检测的两大核心任务是物种组成和功能组成的鉴定,而扩增子测序的首要目的是找到致病的细菌或者病毒,即鉴定物种组成。 经过质量控制,测序数据中已经不包含非生物的异常序列了,下面我们用vsearch[1]软件完全后续分析。 1.去重(dereplication) 同一对引物的扩增产物,理论上应该是完全一样的,这些冗余的信息会...
宏基因组学目前的主要研究方法包括:16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献,来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息,以及作者想表达的结果。
扩增子asv分析流程 扩增子asv分析流程 扩增子ASV分析需先进行样本核酸提取，确保质量可靠。提取后的核酸要进行浓度测定，常用方法有紫外分光光度法。接着设计合适的引物，针对目标扩增区域精准设计。引物的Tm值很关键，一般在55 - 65℃为宜。进行PCR扩增反应，设置合适的循环参数。循环数通常在25 - 35次，依样本情况...
所谓扩增子，简单地理解，就是经过人工扩增的DNA片段或RNA片段的扩增产物。扩增子测序主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。今天要向大家介绍的是扩增子里的C位——OTU君。你想到了吗，C位就是OUT君，为什么要把OTU君摆在C位呢，是名副其实还是名不副实？且听美格基因一一道来。一...
扩增子测序分析是一种以环境样品微生物群体基因组为研究对象的分析方法，主要通过扩增并测序微生物基因组中的保守区域，以获取样品中的物种种类、菌群结构、系统发育和遗传多样性等信息。以下是关于扩增子测序分析的详细解答：基本原理：使用通用引物扩增微生物基因组中的保守区域，如细菌的16S rDNA基因V3或V4...