本文将全面剖析扩增子分析流程的每一步骤,通过实例解释、数据支持和概念阐述,使读者对这一技术有更深入的理解。 一、样品制备与DNA提取 1. 样品采集与处理 样品采集是扩增子分析的起点,其质量直接影响后续分析的准确性。例如,在遗传疾病研究中,研究人员会从患者的血液或组织样本中采集细胞,这些样本需经过严格的质量...
凌恩生物特推出双因素扩增子分析流程,主要针对实验研究中存在的双因素设计,比如不同季节+不同处理,不同处理+不同时间等,结果支持双因素分组展示,各因素下样本中微生物组成和多样性信息一目了然,全方位展示不同因素下样本中微生物的动态变化。 双因素扩增子分析流程 双因素扩增子实验设置样例如下表所示 双因素扩增...
下面将详细介绍扩增子测序原始数据分析流程。 1.数据质控 在进行扩增子测序原始数据分析之前,首先要对测序数据进行质控。主要包括去除低质量序列、去除接头序列和引物序列等步骤。数据质控的目的是确保后续分析的准确性和可靠性。 2.序列拼接 在质控过程完成后,接下来需要对测序得到的短序列进行拼接,得到完整的扩增子...
升级后的扩增子分析流程分别对门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）水平进行差异分析。更提供了组间差异热图、组间差异气泡图的展示方式。此外在组间物种丰度差异分析的基础上进行深入分析，分别在门、纲、目、科、属和种水平比较研究样本中top10物种相对丰度的组间差异...
扩增子测序是分析环境微生物的常见手段,通常使用的是16s rRNA片段。16srRNA分析主要有质控、去冗余、聚类OTU、去嵌合体、生成OTU表和物种注释等步骤。 出发点 最开始听人讲扩增子分析,我是云里雾里完全听不懂的蒙蔽状态。后来有幸认识了一位不辞辛苦或者说对“傻子”友好的技术达人,在他的帮助下了解了扩增子分析...
16S扩增子测序分析流程 1.样品采集:从研究对象的生态环境中采集样品,如土壤、水样、动植物组织等。 2.DNA提取:从样品中提取总DNA。目前常用的提取方法有商业试剂盒法和酚氯仿法等。 3.扩增16SrRNA基因:使用引物对样品中的16SrRNA基因进行PCR扩增。常用的引物对包括V3-V4、V4等。与此同时,可以通过引入带有索引序列...
qiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一,其提供了大量从原始data到统计分析的插件,尤其是它的可重复分析且可扩展插件的理念使得其成为扩增子分析首选的平台。 Platform qiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一,其提供了大量从原始data到统计分析的插件,尤其是它的可重复分析且可扩展插件的理念使得其成为扩增子分析首选的平...
16S扩增子测序分析流程 (一)DNA抽提: DNA抽提是物种的分子标识或其他微生物分析的前提,抽提的DNA源可以是细菌、真菌、古菌或其他微生物。DNA抽提既可以使用溶剂抽提法,也可以使用骨架吸附抽提法。在16S扩增子测序中,普遍采用溶剂抽提法,常用的萃取溶剂有核酸痕迹液(NucleicAcidTraces)、吗啡酸(MorpholineAceticAcid)、...
扩增子新版分析流程结果解读(二) 一、随机森林分析 随机森林是机器学习算法的一种,目的是根据已有的数据建立模型,从而实现对数据的分类和对其它指标的预测。如果目标变量是分类变量,随机森林可以进行分类;如果目标变量是连续变量,随机森林可以进行回归预测,此外在建立随机森林模型的过程中,还可以找出能够区分不同组样本间...
前段时间小编为公司搭建扩增子分析流程,在nature communications发现一篇扩增子分析的文章,文章的题目为:Biodiversity, environmental drivers, and sustainability of the global deep-sea sponge microbiome。文章主要论文为,使用16s扩增子分析,揭示地理距离、化学循环等因素对深海海绵中微生物物多样性的影响。