该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。 ● 第一作者:刘永鑫、陈雷、马腾飞 ● 通讯作者:陈同 、文涛、刘永鑫 ● 合作作者:李小方、郑茂盛、周欣、陈亮、钱旭波、席娇、卢洪叶、曹慧荦、马晓亚、边遍、张鹏帆、吴季秋...
1、 /exxxx DOI:10.21769/BioProtoc.xxxx55555111112000易扩增子:易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程EasyAmplicon:An easy-to-use, reproducible and cross-platform pipeline for amplicon analysis刘永鑫1, 2, 3, #, *,陈同4#,周欣5,白洋1, 2, 3, 6, *1中国科学院遗传与发育生物学研究所,植物基因组...
使用QIIME 2流程分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数 据 Using QIME 2 pipeline to analysis amplicon sequencing of 16S rRNA gene in microbiome 刘永鑫1,2,3,#,*,陈同4,#,钱旭波5,白洋1,2,3,6,* 1中国科学院遗传与发育生物学研究所,植物基因组学国家重点实验室,北京;2中国科学院大学,生物 互作卓越...
该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。 ● 第一作者:刘永鑫、陈雷、马腾飞 ● 通讯作者:陈同 (chent@nrc.ac.cn)、文涛(taowen@njau.edu.cn)、刘永鑫(liuyongxin@caas.cn) ● 合作作者:李小方、郑茂盛、周欣、陈亮...
前段时间小编为公司搭建扩增子分析流程,在nature communications发现一篇扩增子分析的文章,文章的题目为:Biodiversity, environmental drivers, and sustainability of the global deep-sea sponge microbiome。文章主要论文为,使用16s扩增子分析,揭示地理距离、化学循环等因素对深海海绵中微生物物多样性的影响。
摘要:扩增子测序是目前微生物组研究中最广泛的使用手段,主流的分析流程有QIIME、USEARCH和Mothur,但仍分别存在依赖关系过多导致的安装困难、大数据收费和使用界面不友好等问题。本文搭建了一套完整的扩增子分析流程命名为易扩增子(EasyAmplicon),可以实现简单易用、可重复和跨平台地开展扩增子分析。流程计算核心采用体积小...
根据QIIME2 所需的格式定义 metadata(样本信息文件),后续 QIIME 2 将根据这些分组信息进行分析。示例如下: 代码语言:javascript 复制 sample-id barcode-sequence body-site year month day subject reported-antibiotic-usage days-since-experiment-start #q2:types categorical categorical numeric numeric numeric categor...
EasyAmplicon (易扩增子)-扩增子高通量序列分析软件流程及脚本-详细使用方法——来自刘永鑫团队的秘籍 (0)踩踩(0) 所需:1积分 gsy_flutter_book 2025-01-24 16:05:56 积分:1 LockActivity 2025-01-24 16:02:13 积分:1 升阳云ERP - 中小企业数字化转型平台 ...