目前的第三阶段以越来越多地使用单细胞 RNA-seq来剖析宿主 - 微生物相互作用中的细胞异质性为标志。 图1 宿主-微生物相互作用 其中互作转录组测序(Dual RNA-seq)是2012年兴起的技术,其通过RNA-seq反映两个生物间的互作关系,是继单物种转录组后RNA家族的一颗极具发展潜力的正在升起的新星,也是RNA领域最新的研究...
在单细胞研究如此内卷的当下,单细胞宿主-微生物互作研究另辟蹊径对单细胞数据进行了深入的讨论,是当下的又一热点。 然而,传统上的宿主与微生物相作研究需要分别分析宿主细胞和微生物组的数据,这样可能会遗漏两者之间的部分互作关系。 罗格斯大学开发的SAHMI流程如果能够在单一样本中同时获取细胞的转录组和微生物组的信...
在单细胞研究如此内卷的当下,单细胞宿主-微生物互作研究另辟蹊径对单细胞数据进行了深入的讨论,是当下的又一热点。 然而,传统上的宿主与微生物相作研究需要分别分析宿主细胞和微生物组的数据,这样可能会遗漏两者之间的部分互作关系。 罗格斯大学开发的SAHMI流程如果能够在单一样本中同时获取细胞的转录组和微生物组的信...
由于共生微生物存在于宿主的细胞外,与宿主外蛋白质组的接触是发挥其独特功能的主要方式方法。在宿主体内,病原体或共生微生物会遇到一系列的宿主胞外蛋白和分泌蛋白,这些蛋白可以被统称为外蛋白(exoproteins),通过与外蛋白的互作发挥了定植、粘附、侵袭、重塑胞外基质和免疫逃逸等各方面的作用【1-4】。虽然已经有宏...
微生物、宿主以及环境三者之间编织着一张错综复杂的生命网络,这张网的解析需要跨学科、多层面的信息协同。近日,《Lancet eBioMedicine》期刊上的一篇研究,采用多组学分析的独特视角,将皮肤微生物组、转录组等数据融会贯通,为我们揭示了银屑病与宿主-微生物交互作用之间错综复杂的关系。
在宿主体内,病原体或共生微生物会遇到一系列的宿主胞外蛋白和分泌蛋白,这些蛋白可以被统称为外蛋白(exoproteins),通过与外蛋白的互作发挥了定植、粘附、侵袭、重塑胞外基质和免疫逃逸等各方面的作用【1-4】。虽然已经有宏基因组和16S rRNA测序等...
随后,作者首先使用MIM评估了人类肠道微生物组-宿主互作,将MIM应用于50个健康人粪便样本的宏基因组数据。与预期一致,MIM的分析结果与宏基因组分析结果存在一定差异,能够提供不同的信息。在alpha多样性方面,MIM的结果低于宏基因组分析结果。在蛋白质和通路方面...
在单细胞研究如此内卷的当下,单细胞宿主-微生物互作研究另辟蹊径对单细胞数据进行了深入的讨论,是当下的又一热点。 然而,传统上的宿主与微生物相作研究需要分别分析宿主细胞和微生物组的数据,这样可能会遗漏两者之间的部分互作关系。 罗格斯大学开发的SAHMI流程如果能够在单一样本中同时获取细胞的转录组和微生物组的信...
图1 宿主-微生物相互作用 其中互作转录组测序(Dual RNA-seq)是2012年兴起的技术,其通过RNA-seq反映两个生物间的互作关系,是继单物种转录组后RNA家族的一颗极具发展潜力的正在升起的新星,也是RNA领域最新的研究热点。互作转录组测序在抗病或致病机理研究、新药开发、农业病害研究和防治、物种进化和生理适应等领域具有...
5、微生物基因家族分析揭示两种银屑病聚类的宿主和微生物差异 微生物环境因子分析dbRDA显示,银屑病皮损与非皮损以及健康皮肤的微生物功能特征存在显著差异。为了进一步研究这一问题,研究使用微生物基因家族进行了层次聚类分析,并在皮损性银屑病组中确定了两个不同的聚类,发现在聚类1和聚类2之间,一些微生物特征和宿主基因...