在单细胞研究如此内卷的当下,单细胞宿主-微生物互作研究另辟蹊径对单细胞数据进行了深入的讨论,是当下的又一热点。 然而,传统上的宿主与微生物相作研究需要分别分析宿主细胞和微生物组的数据,这样可能会遗漏两者之间的部分互作关系。 罗格斯大学开发的SAHMI流程如果能够在单一样本中同时获取细胞的转录组和微生物组的信...
由于共生微生物存在于宿主的细胞外,与宿主外蛋白质组的接触是发挥其独特功能的主要方式方法。在宿主体内,病原体或共生微生物会遇到一系列的宿主胞外蛋白和分泌蛋白,这些蛋白可以被统称为外蛋白(exoproteins),通过与外蛋白的互作发挥了定植、粘附、侵袭、重塑胞外基质和免疫逃逸等各方面的作用【1-4】。虽然已经有宏...
在单细胞研究如此内卷的当下,单细胞宿主-微生物互作研究另辟蹊径对单细胞数据进行了深入的讨论,是当下的又一热点。 然而,传统上的宿主与微生物相作研究需要分别分析宿主细胞和微生物组的数据,这样可能会遗漏两者之间的部分互作关系。 罗格斯大学开发的SAHMI流程如果能够在单一样本中同时获取细胞的转录组和微生物组的信...
研究进一步将转录组与皮肤微生物组进行关联,发现C. simulans和C. acnes的丰度与几个中心宿主基因的表达显著相关。 图5 C. simulans在银屑病皮损中富集,并与银屑病发病机制相关的宿主基因相关 5、微生物基因家族分析揭示两种银屑病聚类的宿主和微生物差异 微生物环境因子分析dbRDA显示,银屑病皮损与非皮损以及健康皮肤的...
微生物、宿主以及环境三者之间编织着一张错综复杂的生命网络,这张网的解析需要跨学科、多层面的信息协同。近日,《Lancet eBioMedicine》期刊上的一篇研究,采用多组学分析的独特视角,将皮肤微生物组、转录组等数据融会贯通,为我们揭示了银屑病与宿主-微生物交互作用之间错综复杂的关系。
在宿主体内,病原体或共生微生物会遇到一系列的宿主胞外蛋白和分泌蛋白,这些蛋白可以被统称为外蛋白(exoproteins),通过与外蛋白的互作发挥了定植、粘附、侵袭、重塑胞外基质和免疫逃逸等各方面的作用【1-4】。虽然已经有宏基因组和16S rRNA测序等...
在单细胞研究如此内卷的当下,单细胞宿主-微生物互作研究另辟蹊径对单细胞数据进行了深入的讨论,是当下的又一热点。 然而,传统上的宿主与微生物相作研究需要分别分析宿主细胞和微生物组的数据,这样可能会遗漏两者之间的部分互作关系。 罗格斯大学开发的SAHMI流程如果能够在单一样本中同时获取细胞的转录组和微生物组的信...
该综述一作杨兴林研究员于 2024 年加入北京大学药学院,其课题组聚焦于微生物与宿主互作的药物化学生物学研究,从微生物来源的活性物质与靶蛋白的相互作用切入,探索微生物调控人体生理和疾病的分子机制,并基于此进行新靶点和新机制的药物...
5、微生物基因家族分析揭示两种银屑病聚类的宿主和微生物差异 微生物环境因子分析dbRDA显示,银屑病皮损与非皮损以及健康皮肤的微生物功能特征存在显著差异。为了进一步研究这一问题,研究使用微生物基因家族进行了层次聚类分析,并在皮损性银屑病组中确定了两个不同的聚类,发现在聚类1和聚类2之间,一些微生物特征和宿主基因...
继 空间转录组宿主-微生物互作分析推出之后,欧易生物继续推出针对单细胞转录组预测微生物组成的分析方案。SAHMI[1]是一款专门用于鉴定单细胞转录组中的微生物丰度的分析流程,于2022年发表在Cancer Cell上。该流程通过微生物比对鉴定、去噪和去污染等操作,获取单细胞转录