将异源多倍体中的染色体按照祖先来源(这在多倍体中也叫做亚基因组)拆分对我们理解多倍体的进化与生物学意义十分重要,就比如异源多倍体研究中常做的亚基因组差异进化(biased fractionation)分析。在本篇综述中,我总结了识别异源多倍体亚基因组血统成分的不同方法,并讨论了这些方法的优点与不足,同时概述了使用这些方法将会对...
最后,我们提出了增强未来研究中亚基因组相位划分准确性的建议,承认综合工具在先进的复杂异源多倍体研究中的潜力,并为基于亚基因组的鲁棒系统发育分析提供了新的路线图。 结果 概述 我们进行了一项全面的研究,评估和比较了在复杂异源多倍体亚基因组相位划分中应用WGDI和SubPhaser方法时的效果。这项研究涵盖了五个案例,所...
在异源多倍体基因组中,亚基因组的优势相对于复制丢失而言,会发生来自亲本亚基因组之一的基因的过表达,因此,研究人员将RNA-seq reads比对到每个单倍体基因组上,比较了亚基因组上的转录活性 (Fig. 6)。B亚基因组的基因表达有增加的趋势(它也丢失了较少的BUSCO基因),但A亚基因组的4号和22号染色体基因在性腺中表...
昆明动物所研究员吕雪梅,中国工程院院士、湖南师范大学教授刘少军,南京农业大学教授陈增建,中国农业科学院农业基因组研究所研究员阮珏和厦门大学教授徐鹏等组成的团队联合攻关,以鲤亚科鱼类基因组为研究对象,对脊椎动物异源多倍体基因组的亚基因组演化问题进行...
通过重建鲤亚科鱼类的多倍化演化历史,发现鲫鱼、鲤鱼和金线鲃共同起源于13.8~15.1百万年前的一次古异源多倍化事件。比较基因组学和多组织、多胚胎发育时期转录组和DNA甲基化的比较分析结果表明,红鲫与异源多倍体植物和爪蟾基因组中非对称的演化模式呈现明显不同:(1)红鲫的父系和母系来源的亚基因组均没有显著的大规模...
在异源多倍体基因组中,亚基因组的优势相对于复制丢失而言,会发生来自亲本亚基因组之一的基因的过表达,因此,研究人员将RNA-seq reads比对到每个单倍体基因组上,比较了亚基因组上的转录活性 (Fig. 6)。B亚基因组的基因表达有增加的趋势(它也丢失了较少的BUSCO基因),但A亚基因组的4号和22号染色体基因在性腺中表...
多倍体是真核生物演化的关键驱动因素,尤其在被子植物中驱动了物种的多样性演化和性状创新。异源多倍体是多倍体的主要形式之一,起源于物种间杂交事件,最终在单个生物体内聚合两个或多个不同二倍体物种的基因组,因此具有更高的遗传多样性和适应潜力。多倍化发生后,异源多倍体基因组经历二倍化和基因fractionation的演化过程,...
研究发现，体内mRNA二级结构同样表现出亚基因组的不对称性，且mRNA二级结构对翻译效率有显著贡献，其中5’UTR和CDS区结构较弱的mRNA倾向于高翻译，但3’UTR区mRNA结构的强弱对翻译效率没有显著影响。基于异源多倍体小麦中mRNA结构显著影响翻译效率这一结果，研究人员进一步探究mRNA结构对翻译效率的亚基因组不对称性的贡献...
在异源多倍体基因组中,亚基因组的优势相对于复制丢失而言,会发生来自亲本亚基因组之一的基因的过表达,因此,研究人员将RNA-seq reads比对到每个单倍体基因组上,比较了亚基因组上的转录活性 (Fig. 6)。B亚基因组的基因表达有增加的趋势(它也丢失了较少的BUSCO基因),但A亚基因组的4号和22号染色体基因在性腺中表...