将异源多倍体中的染色体按照祖先来源(这在多倍体中也叫做亚基因组)拆分对我们理解多倍体的进化与生物学意义十分重要,就比如异源多倍体研究中常做的亚基因组差异进化(biased fractionation)分析。在本篇综述中,我总结了识别异源多倍体亚基因组血统成分的不同方法,并讨论了这些方法的优点与不足,同时概述了使用这些方法将会对...
microRNAs和其它ncRNAs频数在6个单倍型所有的染色体上没有显示出在哪个染色体上存在偏倚(Supplementary Fig. 6),而tRNA和rRNA基因在一些染色体上数量存在明显偏倚。 在异源多倍体基因组中,亚基因组的优势相对于复制丢失而言,会发生来自亲本亚基因组之一的基因的过表达,因此,研究人员将RNA-seq reads比对到每个单倍体基因组...
最后,我们提出了增强未来研究中亚基因组相位划分准确性的建议,承认综合工具在先进的复杂异源多倍体研究中的潜力,并为基于亚基因组的鲁棒系统发育分析提供了新的路线图。 结果 概述 我们进行了一项全面的研究,评估和比较了在复杂异源多倍体亚基因组相位划分中应用WGDI和SubPhaser方法时的效果。这项研究涵盖了五个案例,所...
异源多倍体中序列高度相似的亚基因组（亲本基因组）同源基因常被认为具有高度的适应可塑性，是形成多倍体优势的潜在原因。亚基因组间的重复性常常导致异源多倍体在结构和功能层面的基因组不对称性，但其分子机制一直模糊不清，尤其是从转录后调控层面的解析甚至鲜有报道。近日，东北师范大学分子表观遗传学教育部重点实验室...
通过重建鲤亚科鱼类的多倍化演化历史,发现鲫鱼、鲤鱼和金线鲃共同起源于13.8~15.1百万年前的一次古异源多倍化事件。比较基因组学和多组织、多胚胎发育时期转录组和DNA甲基化的比较分析结果表明,红鲫与异源多倍体植物和爪蟾基因组中非对称的演化模式呈现明显...
在异源多倍体基因组中,亚基因组的优势相对于复制丢失而言,会发生来自亲本亚基因组之一的基因的过表达,因此,研究人员将RNA-seq reads比对到每个单倍体基因组上,比较了亚基因组上的转录活性 (Fig. 6)。B亚基因组的基因表达有增加的趋势(它也丢失了较少的BUSCO基因),但A亚基因组的4号和22号染色体基因在性腺中表...
通过重建鲤亚科鱼类的多倍化演化历史,发现鲫鱼、鲤鱼和金线鲃共同起源于13.8~15.1百万年前的一次古异源多倍化事件。比较基因组学和多组织、多胚胎发育时期转录组和DNA甲基化的比较分析结果表明,红鲫与异源多倍体植物和爪蟾基因组中非对称的演化模式呈现明显不同:(1)红鲫的父系和母系来源的亚基因组均没有显著的大规模...
多倍体是真核生物演化的关键驱动因素,尤其在被子植物中驱动了物种的多样性演化和性状创新。异源多倍体是多倍体的主要形式之一,起源于物种间杂交事件,最终在单个生物体内聚合两个或多个不同二倍体物种的基因组,因此具有更高的遗传多样性和适应潜力。多倍化发生后,异源多倍体基因组经历二倍化和基因fractionation的演化过程,...
该项研究证明,在基因组平衡和剂量效应的驱动下,异源三倍体以非整倍体为媒介,通过染色体数目和育性不断地增加逐步形成异源四倍体。因此,该研究发现了异源多倍体形成的新途径,提出一新的机制,并证实通过异源三倍体到异源四倍体的反复轮回不仅维持了新生异源四倍体的种间隔离还促进了二倍体向异源四倍体基因的流动。为解释...
在异源多倍体基因组中,亚基因组的优势相对于复制丢失而言,会发生来自亲本亚基因组之一的基因的过表达,因此,研究人员将RNA-seq reads比对到每个单倍体基因组上,比较了亚基因组上的转录活性 (Fig. 6)。B亚基因组的基因表达有增加的趋势(它也丢失了较少的BUSCO基因),但A亚基因组的4号和22号染色体基因在性腺中表...