序列标识图 (Sequence logo)就是序列的残基Logo,它是以图形的方式依次绘出序列比对中各个位置上出现的残基,每个位置上残基的累积可以反应出该位置上残基的一致性。每个残基对应图形字符的大小与残基在该位置上出现的频率成正比。但图形字符的大小并不等于频率百分比,而是经过简单统计计算后转化的结果。 实操 调整颜色 - 选Clus
微生信云平台 注册用户40000 引用415 微生信云平台(bioinformatics.com.cn)以160多款在线作图、在线数据分析工具为基本方式,致力于0代码分析数据,0代码展示数据结果,帮助生命科学、医学等领域的40000多名科研工作者更便捷地分析数据,了解数据,挖掘数据背后的生物医学意义,助力发高分文章,促进知识传播。发布...
接着可以使用NCBI数据库中的BLAST在线工具(blast.ncbi.nlm.nih.gov/)得到同源序列并下载完整的FASTA序列。 在上一个页面直接点击右边工具栏中的--Run BLAST,直接跳转到BLAST工具页面。 点击BLAST按钮,开始检索同源序列。 跳转到这个页面之后需要等一会才会出现结果页面,在线检索结果需要时间。 之后出现的这个页面就是...
1.ESPript ESPript是一款免费的用于对位序列展示的在线工具,除了可以显示序列的保守区域,还可以添加蛋白的二级结构,除了支持高dpi的PNG和TIFF格式图片下载,还支持下载PDF格式的矢量图,重点是配色和样式非常漂亮! 配色方案选择Normal时绘图效果如下,你也可以尝试Flashy、thermal、B&W等其他配色方案。 工具链接: https://e...
Jalview是一个用于多序列比对编辑、可视化和分析的免费程序。使用系统发育树和主成分分析 (PCA) 图对序列进行分析,并探索分子结构和注释。 Jalview 内置了 DNA、RNA 、蛋白质序列的结构可视化和分析功能,它使用 Jmol 查看 3D 结构,使用 VARNA 显示 RNA 二级结构,Jalview 还可以连接数据库进行分析服务。
免费在线预览全文 多序列比对结果美化作图 生物信息培训系列之多序列比对结果美化作图--生物技术研究中心晁江涛目录一、常用着色工具二、作图效果展示三、Texshade 工具 四、输入数据格式五、常用参数设置一、常用着色工具SeqLogo/WebLogo,自动分配颜色GeneDoc,手动分配颜色Boxshade,仅黑白模式Esprint,Texshade,黑白模式/彩色...
📚 Jalview 是一款强大的多序列比对工具,专门用于生物序列的对比分析和可视化。它支持多种格式的序列输入,如FASTA、Clustal、MSF等,并提供多种对比工具,如Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE等。🔧🖌️ Jalview 拥有用户友好的图形界面,可在桌面应用中运行,同时也提供了在线版本。它支持多序列比对的创建、编辑和注释,...
背景 随着生物信息学的发展，多序列比对在基因组学、分子生物学和进化生物学等领域的应用越来越广泛。因此，对于多序列比对结果的可视化需求也日益增长。内容概述 01 本章节将介绍如何使用不同的软件和工具进行多序列比对结果的美化作图。02 重点介绍如何使用在线工具、本地软件和编程语言进行多序列比对结果的图形化展示...
“矩阵作图法” 或 “对角线作图” 。 首先建立一个矩阵,两条序列的长度分别为矩阵的行数和列数,一条序列置于矩阵的顶部,一条序列置于矩阵的左侧。 把具有相同字符的单元做标记。 A C C T G A G C T C G T T A A C C A G C T A A * /108 滑动窗口技术 由于序列可能很长,而字符只有4个(...
5️⃣ 蛋白质序列特征分析 1 蛋白质的理化性质分析 2蛋白质的跨膜结构分析 3蛋白质信号肽的预测和识别 4蛋白质的卷曲螺旋预测 5糖基化位点的预测与识别 6磷酸化位点的预测与识别 6️⃣ 应用实例 1Spidey工具识别mRNA/cDNA的外显子组成 2Spidey工具进行可变剪切的分析 ...