常用的分子动力学方法包括平衡态分子动力学(equilibrium molecular dynamics, EMD或者Green-Kubo方法),非平衡分子动力学(nonequilibrium molecular dynamics, NEMD),以及2013年由E. Lampin等学者提出的近平衡分子动力学模拟方法(approach-to-equilibrium molecular dynamics, AEMD)。然而,在所有的分子动力学方法中,计算模拟域...
4. 结构分析:结合其他结构性质(如氢键、二面角分布等)的分析,如果这些性质也显示出稳定状态,那么RMSD的平衡状态就更有说服力。 总的来说,RMSD的平衡标准需要综合考虑多个因素,并且需要根据具体的研究问题和系统特性来确定。理解并正确使用RMSD可以帮助我们更好地解析分子动力学模拟的结果,揭示分子行为的本质。©...
在研究固态化学反应时,分子动力学模拟成为一种有效的工具来判断固相化学平衡状态。本文将介绍如何利用分子动力学模拟方法来判断固相化学平衡状态。 1.研究对象的选择 在进行分子动力学模拟实验之前,首先需要确定研究对象。可以选择一种或多种物质进行研究,通常选择具有常见结构和物理化学性质的化合物。研究对象的选择应该...
在高中化学中,都学过“化学平衡移动原理”即“勒夏特列原理”,其指化学平衡是动态平衡,如果改变影响平衡的一个要素,平衡就会向能够减弱这种改变的方向移动,以抗衡该改变。 此即为所谓的“稳态”,稳定状态很难改变,体系倾向于反抗外来因素对原始平衡的改变。在现实生活中,达到团体、国家的变革,小到个人的自身改变,...
分子动力学模拟是从经典力学出发，把系统看成为微观粒子的集合，通过研究微观状态下的粒子在不同系综的...
可以说达到了平衡位置。而对于动力学来说，平衡态是一种热力学上平衡的状态，平衡相的前期显然没达到这...
平衡分子动力学模拟研究
【GROMACS】蛋白-配体动力学模拟之二:添加离子和能量最小化 大大大大大可丶 1956 3 B16.在Window 10中安装GROMACS |分子动力学模拟很容易:) Kylin麒麟丸 2076 0 【GROMACS】蛋白-配体动力学模拟之一:准备拓扑文件 大大大大大可丶 5775 13 量子化学与分子力学/分子模拟 -杜尚别- 11.0万 544 【十分鬼畜】CN...
线性响应系数的获得可以通过线性响应(linear response）这个近似来获得，具体的推导可以在一些涉及非平衡态...
1 小分子液体 水、乙醇、尿素等小分子液态体系的模拟相对来说很容易达到平衡。即便初始结构设置得比较...