4. 结构分析:结合其他结构性质(如氢键、二面角分布等)的分析,如果这些性质也显示出稳定状态,那么RMSD的平衡状态就更有说服力。 总的来说,RMSD的平衡标准需要综合考虑多个因素,并且需要根据具体的研究问题和系统特性来确定。理解并正确使用RMSD可以帮助我们更好地解析分子动力学模拟的结果,揭示分子行为的本质。©...
在研究固态化学反应时,分子动力学模拟成为一种有效的工具来判断固相化学平衡状态。本文将介绍如何利用分子动力学模拟方法来判断固相化学平衡状态。 1.研究对象的选择 在进行分子动力学模拟实验之前,首先需要确定研究对象。可以选择一种或多种物质进行研究,通常选择具有常见结构和物理化学性质的化合物。研究对象的选择应该...
在高中化学中,都学过“化学平衡移动原理”即“勒夏特列原理”,其指化学平衡是动态平衡,如果改变影响平衡的一个要素,平衡就会向能够减弱这种改变的方向移动,以抗衡该改变。 此即为所谓的“稳态”,稳定状态很难改变,体系倾向于反抗外来因素对原始平衡的改变。在现实生活中,达到团体、国家的变革,小到个人的自身改变,...
GROMACS分子动力学模拟:预平衡 在做成品MD模拟前, 最好保证体系已经达到平衡. 如果体系没有平衡好, 那么需要先运行很长时间的模拟达到平衡, 然后才能采集数据. 为了使模拟开始时的体系尽量接近平衡, 可以采取各种方法, 这些方法可以统称为预平衡. 预平衡并不是必须的. 如果体系的初始结构足够好, 就不需要特别的预...
分子动力学模拟是从经典力学出发，把系统看成为微观粒子的集合，通过研究微观状态下的粒子在不同系综的...
28:18 GROMACS入门 22:41 【推荐】基于GROMACS的蛋白小分子动态模拟全过程解析(内含md.mdp参数文件详解、Linux常用命令) 21:26 【推荐】水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟 36:17 【推荐】Materials Studio分子建模 28:41 【实操】生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模 25:21 【...
平衡分子动力学模拟研究
可以说达到了平衡位置。而对于动力学来说，平衡态是一种热力学上平衡的状态，平衡相的前期显然没达到这...
线性响应系数的获得可以通过线性响应(linear response）这个近似来获得，具体的推导可以在一些涉及非平衡态...
时常有人在思想家公社QQ群里或计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)里问关于怎么判断分子动力学模拟中体系是否达到平衡的问题,问是不是看温度、势能变化等等信息判断。然而往往提问的人都不说清楚他的体系是什么特征,导致这根本没法回答。实际上,对于不同类型的体系,判断方式有极大的差异。有一点尤其要搞明白...