LDA score计算 安装 分析 文件输入格式 数据格式转换 lefse分析 绘制lefse结果图 绘制特征条形图 绘制系统发育树图 参考资料 导读 LEfSe(Linear discriminant analysis Effect Size)通过将用于统计显着性的标准检验与编码生物一致性和效果相关性的检验相结合,确定最有可能解释类别之间差异的特征。 LEfSe分析可以实现多个...
6. 对LDA score进行log转换。 deftest_lda_r(cls,feats,cl_sl,boots,fract_sample,lda_th,tol_min,nlogs):fk=list(feats.keys())means=dict([(k,[])forkinfeats.keys()])feats['class']=list(cls['class'])clss=list(set(feats['class']))foruu,kinenumerate(fk):ifk=='class':continueff=[...
还可以通过-a指定组间比较检验水准阈值,-w指定成组比较检验水准阈值,-l指定lda score阈值。除了可以选择lda,还可以选择svm进行分析。 run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res 详细参数: usage: run_lefse.py [-h] [-o str] [-a float] [-w float] [-l float] [--nlogs int...