宏基因组学这一概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的Jo Handelsman等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来伯克利分校的研究人员Kevin Chen和Lior Pachter将宏基因组定义为“应用现代基因组...
宏基因组 ( Metagenome):(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组)是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即环境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因,目前主要指环境样品中...
宏基因组测序(mNGS)作为一种新兴的微生物检测技术,具有较高的通量、广谱性和敏感性,能够提供多维度的微生物分析,对感染性疾病、环境监测和微生物群落研究等领域具有重要应用价值。然而,由于其数据处理复杂且成本较高,仍面临假阳性率高、数据解读困难等局限性。随着技术的进一步发展,mNGS有望成为微生物诊断和研究中的...
宏基因组 ( Metagenome)是对环境样品中全部微生物的总DNA进行高通量测序,进而研究微生物种群结构、基因结构、基因功能活性、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系。二代宏基因组测序已经发展为环境微生物测序最广泛使用的技术之一,而作为后期之秀的三代宏基因组测序也在逐渐登上这个舞台。基于PacBio HiF...
宏基因组binning可以得到很多不能在实验室里培养的细菌、古菌、病毒的基因组草图,然后基于单菌组装结果进行菌株水平的基因和功能注释、比较基因组分析、进化分析等,使我们得以洞察这些无法培养菌株的生态适应机制,营养互作机制和新陈代谢功能等,可以研究在生态环境和复杂疾病中起重要作用的菌种以及致病菌和宿主的互作机制及...
宏基因组测序(Metagenomics Sequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA进行高通量测序,主要研究微生物种群结构、基因功能、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制,扩展了微生物资源的利用空间,为环境微生物群落的研究提供了有效工具。 高通量测序平台 16S扩...
宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象,不需对微生物进行分离培养,而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。
宏基因组学（Metagenomics），又称为微生物环境基因组学或元基因组学，是一种研究特定环境中全部微生物遗传组成及其群落功能的新兴学科。随着高通量、低成本的下一代测序技术（Next-Generation Sequencing, NGS），特别是宏基因组下一代测序（mNGS）技术的出现，极大地推动了宏基因组学的研究和应用。宏基因组测序利用...
KO(KEGG ORTHOLOG)系统将各个KEGG注释系统联系在一起,KEGG已建立了一套完整KO注释的系统,可完成新测序物种的基因组或转录组的功能注释。 但随着宏基因组的基因序列越来越多,之前KEGG提供的与KEGG Orthology数据库的比对方法效率太低无法满足需求,因此KEGG 建立了KEGG Orthology 的隐马尔科夫模型(HMM) 数据库 ,即KOf...