关于conda的镜像问题,选择其一设置即可 #删除conda镜像文件(如果第一次配置则不需要) rm ~/.condarc # 添加北京外国语大学的镜像源 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda ...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
SRAtool的官方教程:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/08.-prefetch-and-fasterq-dump 准备 安装Toolkits 建议conda安装,命令如下。(兼容性还行,没必要新建环境) conda install -c biocon
(1)安装路径为/usr/local/opt/sratoolkit/3.1.1,可以根据实际情况修改; (2)本文适用于Debian和Ubuntu,CentOS等请参考https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit; (3)文中只演示了prefetch和fastq-dump如何加入到PATH中,其他命令可以如法炮制。
cache-mgr illumina-load.2sam-dump.2.11.0sra-stat.2vdb-encrypt.2cache-mgr.2illumina-load.2.11.0sam-dump-orig.2.11.0sra-stat.2.11.0vdb-encrypt.2.11.0cache-mgr.2.11.0kar sff-dump sra-tblastn vdb-lockcg-load kar.2sff-dump.2sratools.2.11.0vdb-lock.2cg-load.2kar.2.11.0sff-dump.2.11...
安装SRA-tools下载SRA数据 下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 ...
下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据...
Dell PowerVault MD系列VMware存储复制适配器(SRA)安装和配置手册(Web客 Dell PowerVault MD Series VMware Storage Replication Adapter (SRA)Installation and Configuration Manual (Web Client)
2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 代码语言:javascript 复制 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd./biosoft/wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz ...
SRA-tools的安装与SRA数据下载 下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装...