基因芯片与 RNA−Seq 是两种应用广泛的高通量 RNA 分析技术,关于他们的比较下列说法错误的是( )A.他们的通量均较高B.RNA−Seq
在～50M reads数据量的情况下,当基因表达丰度较高时(横坐标RPKM较大时),两者之间的数据质量都是非常好的(纵坐标CoV即变异系数越小,数据质量越高),但当基因表达丰度变低时(横坐标RPKM较小时),RNA-seq的数据质量就急剧下降了,而芯片则仍然维持着高水准。这篇文章得到的结论是:～80%以上的基因,RNA-seq的数据质...
RNA-seq在测表达量的同时还可以发现突变,基因芯片不能。 基因芯片(这里专指测RNA的表达谱芯片)确实不能发现突变。RNA-seq是通过测序来检测RNA丰度的,确实可以获得序列信息,但是因为测序本身有错误率,而RNA-seq常做的测序深度很低,得到的突变信息其实并不准确。要想准确,就需要极高的测序深度,那么又回到老问题了,...
来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势吧~~无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片。无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势...
RNA-seq现在已经很便宜了,比基因芯片还便宜很多。 测序中收费标准之一来源于数据量(即测序深度),刚刚说了,市场上最流行的的RNA-seq服务数据量是6G/样本,即40M reads或者20M paired reads ,这时候确实比很多芯片都便宜了。但是如果希望更准确检测中、低丰度RNA,就需要更深度的测序保证数据可靠性,这就会导致测序成...
RNA-seq现在已经很便宜了,比基因芯片还便宜很多。 测序中收费标准之一来源于数据量(即测序深度),刚刚说了,市场上最流行的的RNA-seq服务数据量是6G/样本,即40M reads或者20M paired reads ,这时候确实比很多芯片都便宜了。但是如果希望更准确检测中、低丰度RNA,就需要更深度的测序保证数据可靠性,这就会导致测序成...
首先,大家需要明确,检测到和准确分析基因表达量的概念是不同的,只有mapping到基因上的reads达到一定数量,才能得到相对准确的分析结果。因此RNA-Seq能检测到多少可靠的信息完全取决于测序深度,测序深度,测序深度!不同于芯片的杂交法,RNA-seq是通过读数来检测,读数多(即测序深度深)代表着RNA-seq的采样率高。采样率...
reads数据量的情况下,当基因表达丰度较高时(横坐标RPKM较大时),两者之间的数据质量都是非常好的(纵坐标CoV即变异系数越小,数据质量越高),但当基因表达丰度变低时(横坐标RPKM较小时),RNA-seq的数据质量就急剧下降了,而芯片则仍然维持着高水准。这篇文章得到的结论是:～80%以上的基因,RNA-seq的数据质量/可信度...