RNA-Seq:基于测序技术,无需预先设计的探针,因此数据集是无偏倚的,实现了无假设的实验设计。它可以对与参考序列比对的单条序列进行定量,产生离散的(数字)读数。 基因芯片:通过测定连续探针强度来检测基因表达,其技术原理相对固定,且受限于预先设计的探针。 RNA-Seq的这种基于测序的原理使其具有更高的灵活性和适应性,...
在此之前，芯片和 RNA-seq 数据应当更加兼容，RNA-seq 数据的分析和储存必须进一步简化。“这就像是临产前的阵痛期，”Tong 说。“一旦完成这个痛苦的过程，大家就能真正享受到技术带来的福利。”The Scientist 杂志与多位专家共同探讨了从芯片到 RNA-seq 的过渡，希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，最终实...
芯片检测的动态范围比较窄,在转录本丰度很低的情况下,RNA-seq才是你正确的选择。Tong及其同事去年用Illumina RNA-seq平台和Affymetrix芯片,评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。他们发现,在检测丰度较高的基因时,RNA-seq和芯片的结果基本一致。但在检测表达水平低的基因时,RNA-seq更加准确。这一结论也得到了其...
因此,研究表明,RNA-Seq可检测的差异表达基因比例比表达芯片更高,特别是低丰度的基因4,5。 索取Illumina的RNA-Seq 相关技术手册 检测选择性剪接位点和新型异构体以及非编码RNA的能力 除了基因表达谱分析,RNA-Seq还能鉴定选择性剪接异构体、剪接位点和等位基因特异的表达–所有这些都在单个实验中完成1,2。此外,RNA-Seq...
这篇刚发表的文章就很好滴说明了基因芯片的优势。 作者用临床样本为正常肺上皮组织和鳞状细胞癌肺肿瘤。 检测的是蛋白质编码基因和非编码长RNAs(lncRNAs)。 发现RNA-Seq和Microarray对蛋白质编码RNA同样有效,但RNA-Seq数据的随机变异性比Microarray要高。与Microarray数据相比,这减少了表达基因和基因的预测潜力,短和低...
RNA-seq——更加灵敏,可减少漏网之鱼 研究指出,在检测丰度较高的基因时,RNA-seq和芯片的结果基本一致。但在检测表达水平低的基因时,RNA-seq更加准确。为什么? 当基因低水平表达时,芯片中结合探针的cDNA发出较弱的荧光,难以压倒背景荧光。对于RNA-seq而言,覆盖度越高能检测的转录本水平就越低,没有绝对的下限。当...
于是听说NGS比较火,那就RNA-seq吧,反正也贵不了太多!其实未必,有些时候,Microarry更合适,尤其你不需要检测新基因、对重复性要求较高而且经费又有限的情况下。 高通量测序(NGS)和基因芯片是对转录组中的基因的拷贝数、不同剪切体等定性和定量的两大神器,一直以来被广泛使用,microarray应用的更广泛也更早,但是不足...
RNA-seq现在已经很便宜了,比基因芯片还便宜很多。 测序中收费标准之一来源于数据量(即测序深度),刚刚说了,市场上最流行的的RNA-seq服务数据量是6G/样本,即40M reads或者20M paired reads ,这时候确实比很多芯片都便宜了。但是如果希望更准确检测中、低丰度RNA,就需要更深度的测序保证数据可靠性,这就会导致测序成...
#seq数据无法用geoquery包,r直接联网去下载数据#你需要去手动下载supplement file里下载 并且记得看大小对不对得上dat=read.table(”你的count数据“,check.names=F,row.names=1,header=T)#表达矩阵过滤#需要过滤一下那些在很多样本里表达量都为0或者表达量很低的基因。过滤标准不唯一。nrow(dat)#过滤之前基因数...