xcms支持xml、mzData、mzXML、mzML、netCDF等数据格式,因而在利用xcms进行数据处理之前,需要对于质谱采集的原始数据进行格式转换,一般可使用ProteoWizard等。 利用XCMS进行峰检测及对齐 (Bioconductor上已有xcms数据处理的具体指导,参见https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/xcms/inst/doc/xcms.html) 由...
MGF格式数据无法进行峰面数据并不能之际进行相对定量,因而如果需要定量信息,则需要对MS1进行峰检测,然后根据峰检测结果把转换得到的MS2谱图根据MS1的m/z和RT归属到某一个检测到的峰(feature)。关于如何进行峰检测,请参见之前的系列文章:基于质谱技术的非靶向代谢组学数据处理基础之xcms(链接见文末)。 对于直接转换...
xcms支持xml、mzData、mzXML、mzML、netCDF等数据格式,因而在利用xcms进行数据处理之前,需要对于质谱采集的原始数据进行格式转换,一般可使用ProteoWizard等。 利用XCMS进行峰检测及对齐 (Bioconductor上已有xcms数据处理的具体指导,参见https:///packages/release/bioc/vignettes/xcms/inst/doc/xcms.html) 由于xcms3对xcms中...
MGF格式数据无法进行峰面数据并不能之际进行相对定量,因而如果需要定量信息,则需要对MS1进行峰检测,然后根据峰检测结果把转换得到的MS2谱图根据MS1的m/z和RT归属到某一个检测到的峰(feature)。关于如何进行峰检测,请参见之前的系列文章:基于质谱技术的非靶向代谢组学数据处理基础之xcms(链接见文末)。 对于直接转换...