bash gzip -9 merged.fastq 或者,如果你使用的是bgzip(一个常用的生物信息学工具,用于处理大型基因组数据),你也可以使用它来优化压缩: bash bgzip merged.fastq 总结来说,合并fastq.gz文件可以通过简单的命令行操作完成,但需要注意选择合适的合并方法,并在合并后验证文件的完整性。
fastq.gz文件合并双端测序，同一个样品重测序数据是分两台机器测的，导致释放给我的fastq.gz文件有两...
2 利用barcode(接头)将压缩文件进行拆分 python -m barcode_splitter --bcfile Barcode-1_singlecol.txt ./C9DLHANXX_1_fastq.gz --prefix ./file1/ --suffix ".fastq" --gzipout --idxread 1 参数详解: --bcffile 后面跟着barcode文件,主要是个体一列,barcode一列,barcode的长度要一样 第二个文件就是...
首先介绍了MATLAB中的movefile函数，该函数可以移动单个或多个文件，并提供了相应的参数设置。然后通过一个...
XXX_L3_1.fq.gz(第二批测序回来的) 这两种都支持! 脚本的使用: 只需要放入需要合并的数据的所有路径,有多少批数据路径就放多少批数据路径: ./DataMerge.py /path/to/data1 /path/to/data2 /path/to/data3 特此说明:由于脚本是打包了环境的,所以是一个二进制文件,直接使用就行,不用再安装python所需依...
bcl2fastq 产生的文件结果如下(4个lane fastq.gz 文件): 现在要将多个lane 的fastq.gz合并,方便下步骤的分析。 方法1: 方法1: 结果分...
在Unix 中合并 fastq.gz 文件 Rge*_*eek 2 parallel-processing bash shell 我正在使用此脚本来连接从 Samples 中读取的内容。每个子目录都有某些 R1.fastq.gz 文件和 R2.fastq.gz,我想将它们合并到一个 R1.fastq.gz 和 R2.fastq.gz 文件中。
bcl2fastq 产生的文件结果如下(4个lane fastq.gz 文件): image 现在要将多个lane 的fastq.gz合并,方便下步骤的分析。 方法1: cat HG251H_S11_L001_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L002_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L003_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L004_R1_001.fastq.gz >cat.fastq.gz ...
需要合并多个双端文件 *第一步,将相同样本名字和对应的SRR编号放在一起(excel直接复制)* vi sample.txt a srr1 a srr2 b srr3 b srr4 b srr5 第二步修改SRR数据文件名 1端 for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do echo ${i};mv ${i##*_}_1.fastp.fastq.gz ${i}_1.fastp.fastq...
(base) rstudio ~/data/rawvelocity/test $ ls Y3_SaS_CB_004_S5_L006_R1_001.fastq.gz Y3_SaS_CB_004_S6_L006_R1_001.fastq.gz (base) rstudio ~/data/rawvelocity/test $ cat Y3_SaS_CB_004_S5_L006_R1_001.fastq.gz Y3_SaS_CB_004_S6_L006_R1_001.fastq.gz > test.fastq.gz (base...