这样,merged.fastq 文件将被压缩为 merged.fastq.gz。 总结 合并多个 fastq.gz 文件的常见方法是使用 zcat 命令直接读取并合并压缩文件的内容,或者先解压文件再合并。合并后的内容可以选择性地重新压缩为 fastq.gz 格式。根据实际需求选择合适的方法即可。
bcl2fastq 产生的文件结果如下(4个lane fastq.gz 文件): image 现在要将多个lane 的fastq.gz合并,方便下步骤的分析。 方法1: cat HG251H_S11_L001_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L002_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L003_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L004_R1_001.fastq.gz >cat.fastq.gz 方法1:...
bcl2fastq 产生的文件结果如下(4个lane fastq.gz 文件):image.png现在要将多个lane 的fastq.gz合并,方便下步骤的分析。方法1:cat HG251H_S11_L001_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L002_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L003_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L004_R1_001.fastq.gz >cat.fastq.gz 方法1:...
2 利用barcode(接头)将压缩文件进行拆分 python -m barcode_splitter --bcfile Barcode-1_singlecol.txt ./C9DLHANXX_1_fastq.gz --prefix ./file1/ --suffix ".fastq" --gzipout --idxread 1 参数详解: --bcffile 后面跟着barcode文件,主要是个体一列,barcode一列,barcode的长度要一样 第二个文件就是...
我想在Google的不同文件夹中合并几个同名的fastq.gz文件。我一共有15个病人。每个病人都有配对的数据"R1“和"R2”。每个R1和R2被分成4个文件。每个文件的大小约为28 GB。 我的目标是合并这4个文件,为每个病人获得完整的fastq.gz、R1和R2文件。 我以前从未与Google合作过。 下面是文件夹和文件在桶中的方式(...
对的，可以的，直接cat也行，速度快：
首先介绍了MATLAB中的movefile函数，该函数可以移动单个或多个文件，并提供了相应的参数设置。然后通过一个...
在Unix 中合并 fastq.gz 文件 Rge*_*eek 2 parallel-processing bash shell 我正在使用此脚本来连接从 Samples 中读取的内容。每个子目录都有某些 R1.fastq.gz 文件和 R2.fastq.gz,我想将它们合并到一个 R1.fastq.gz 和 R2.fastq.gz 文件中。
XXX_L3_1.fq.gz(第二批测序回来的) 这两种都支持! 脚本的使用: 只需要放入需要合并的数据的所有路径,有多少批数据路径就放多少批数据路径: ./DataMerge.py /path/to/data1 /path/to/data2 /path/to/data3 特此说明:由于脚本是打包了环境的,所以是一个二进制文件,直接使用就行,不用再安装python所需依...
cat合并多个fastq文件 PhageNanoenzyme关注IP属地: 湖南 0.0972021.06.25 22:56:18字数0阅读3,476 (base) rstudio ~/data/rawvelocity/test $ ls Y3_SaS_CB_004_S5_L006_R1_001.fastq.gz Y3_SaS_CB_004_S6_L006_R1_001.fastq.gz (base) rstudio ~/data/rawvelocity/test $ cat Y3_SaS_CB_004_S5...