联合使用连锁图谱和全基因组关联研究,表征与主要花生形态农艺性状相关的基因和基因组区域,即开花模式、内种皮颜色、生长习惯、荚/种子重量和油含量。 花生的进化历史和遗传结构 对36份野生材料(包括34份二倍体和2份四倍体)及77份栽培材料进行了叶绿体基因组从头测序,明确区分了花生的亚种和变种,并在113个叶绿体基因组...
叶绿体基因组的IR区域被认为是最保守的区域,但其边界区序列可能会向外延伸扩张,也可能向内部收缩,从而导致相关基因拷贝数的变化,或者导致边界区域假基因的产生,这是叶绿体基因组进化中的共有现象,也是其长度变异的主因。 在24个黄芩物种的IRb和LSC区域的连接点上都检测到了一个缩短的rps19基因拷贝。截短的基因起源...
线粒体&叶绿体基因组测序,是指采用利用二代/三代测序平台,对动植物线粒体和植物叶绿体进行高通量测序,通过高深度测序和生物信息分析,获得线粒体&叶绿体基因组的序列、编码基因、遗传进化等相关信息。推荐平台技术参数 文库类型 DNA浓度及总量要求 DNA质量要求...
在本研究中,对分离得到的7个前胡属的叶绿体基因组进行denovo测序和比较基因组学分析,结果发现该属的叶绿体基因组既具有保持性,又具有多样性,该研究为前胡属物种的肢体基因组进化、分类学和系统发育提供了新的视角。 研究背景 前胡属( peu...
线粒体&叶绿体基因组测序,是指采用利用二代/三代测序平台,对动植物线粒体和植物叶绿体进行高通量测序,通过高深度测序和生物信息分析,获得线粒体&叶绿体基因组的序列、编码基因、遗传进化等相关信息。 推荐平台 技术线路 部分分析结果展示 基因组圈图 系统发生树 ...
线粒体和叶绿体是细胞内的两个重要细胞器,它们都拥有自己的基因组。线粒体和叶绿体基因组测序利用二代测序技术,可以简便快速、高通量获得线粒体/叶绿体DNA 序列信息,通过对其基因组进行全面的测序和分析,包括序列比对、基因注释、基因功能预测等,在进化生物学研究、疾病诊断和法医学、种质资源评价、物种鉴定、种群遗传...
首先是测序数据,我们直接从fastq格式的测序数据clean data(clean reads)开始。如下所示,通常情况下,为了节省空间会将fastq压缩为gz格式存储。 参考叶绿体基因组 组装期间需要近缘物种的叶绿体基因组做参考,主要用来解决以下两种问题: (1)测序数据中存在大量的核基因组,那么首先就是要尽可能去除核基因组对叶绿体基因组组...
2024年8月13日,来自河南省农业科学院张新友等研究人员合作在学术期刊《自然—遗传学》上发表了标题为”Chloroplast and whole-genome sequencing shed light on the evolutionary history and phenotypic diversification of peanuts.“的研究成果,发现叶绿体和全基因组测序揭示花生的演化历史和表型多样化。
对叶绿体基因组测序并组装,研究人员获得了四种姜黄叶绿体基因组的基因图谱(下图)。姜黄的cp全基因组是一个具有四段结构的单环分子,长度范围为159423 bp~152723 bp,包括一个86,988 bp的大单拷贝区域(LSC),18,531bp的小单拷贝区域(SSC)和两个反向重复序列(IR,26,941bp),GC含量较为相似(下表)。四种姜黄叶绿体基...
以Eucalyptus pauciflora为例,探索组装叶绿体基因组最有效的方法 DNA提取测序 二代测序 leaves total DNA 150bp paired-end sequencing with a roughly 400 bp insert size 质控 三代测序 High molecular weight DNA Libraries were prepared according to the ONT 1D ligation library protocol. 质控 ...