1、“挑选”叶绿体基因组测序reads 第1步,需要尽可能地将clean data中的核基因组测序reads去除,保留叶绿体测序reads,便于后续组装的精度与效率。 这一步我们借助参考基因组来完成。常用方法,将测序clean reads对齐(mapping)至参考叶绿体基因组中,保留能在参考基因组中对齐的测序reads。这样,属于叶绿体基因组的测序数据就...
专利名称：一种基于NGS测序技术精准组装叶绿体基因组的方法 专利类型：发明专利 发明人：高海东,姜传北 申请号：CN202011317707.7 申请日：20201123 公开号：CN112481387A 公开日：20210312 专利内容由知识产权出版社提供 摘要：本发明公开了一种基于NGS测序技术精准组装叶绿体基因组的方法，步骤如下：S1、利用illumina...
专利权项:1.一种植物叶绿体基因组构建方法,其特征在于,包括:1对含有叶绿体基因组序列的样品DNA进行二代测序,得到cleanreads;2对含有叶绿体基因组序列的样品DNA进行三代测序,得到cleanreads;3对下机数据进行错误校正,以校正后获得的序列作为叶绿体基因组待拼装的原始数据;利用已发表的植物叶绿体全基因组信息作为参照,挑选...
本发明公开了一种基于NGS测序技术精准组装叶绿体基因组的方法,步骤如下:S1,利用illumina测序技术对样品进行测序;S2,下载NCBI数据库中所有叶绿体基因组序列构建本地参考数据库;S3,将测序数据比对步骤2构建的数据库,筛出叶绿体数据;S4,使用spades软件对步骤S3得到的数据进行初步组装,得到contigs序列;S5,将步骤S4得到的conti...
目的 获得野生唐古特大黄叶绿体全基因组信息特征,并对相关物种亲缘关系进行研究。方法 本实验采用Illumina高通量测序技术构建了唐古特大黄叶绿体全基因组图谱。结果 唐古特大黄基因组大小为161 054 bp,大(LSC)、小(SSC)单拷贝区大小分别为86 441 bp和12 745 bp,反向
叶绿体基因组序列在中药DNA条形码鉴定及基因工程生物制药方面具有广泛的应用前景.本文应用454高通量测序技术对厚朴进行了叶绿体全基因组测序,建立了标准测序流程.生物信息学分析共获得有效序列重叠群(contig)14个,测序覆盖度达到99.99%.厚朴叶绿体基因组大小为160 183 bp,大(LSC),小(SSC)单拷贝区大小分别为88 210 ...
为了回答这一科学问题,邓秀新教授和他的团队在过去的10年里系统地收集了中国各地的代表性栽培金柑品种和野生山金柑样品,利用核SSR、叶绿体SNP和基因组SNP对金柑属的遗传多样性进行了综合评价,并追溯了其演化历史。遗传分析表明,金柑属在柑橘类群中具有独立的系统发育地位,拒绝了金柑属杂交起源的假说。此外,金柑属内具有...
摘要: 目的 获得野生唐古特大黄叶绿体全基因组信息特征,并对相关物种亲缘关系进行研究.方法 本实验采用Illumina高通量测序技术构建了唐古特大黄叶绿体全基因组图谱.结果 唐古特大黄基因组大小为 161 054bp,大(LSC)、小(SSC)单拷贝区大小分别为 86441 bp和 12745 bp,反向互补重复区(IR)大小... 查看全部>> ...
本发明涉及生物科学领域,具体涉及一种简便、高效且通用的植物叶绿体基因组测序方法。背景技术叶绿体是绿色植物细胞内所特有的细胞器,是细胞进行光合作用的场所,是一切能量的最初来源。叶绿体拥有自身的DNA和遗传体系,与生物进化与及细胞起源有很密切关系,叶绿体基因组是分子进化、系统发育和分子标记领域的重要研究对象,而获...
叶绿体基因组序列都包含重复序列、反向重复序列等复杂结构,三代测序技术的长读长可直接跨越这些区域获得叶绿体基因组的全基因组序列信息等,基因组组装不依赖于是否有近缘物种的叶绿体基因组信息等,这些都为获得叶绿体基因组的完成图提供了必要的条件。现有技术目前还没有一种基于三代测序技术的植物叶绿体基因组完成图构建...