叶绿体基因组的IR区域被认为是最保守的区域，但其边界区序列可能会向外延伸扩张，也可能向内部收缩，从而导致相关基因拷贝数的变化，或者导致边界区域假基因的产生，这是叶绿体基因组进化中的共有现象，也是其长度变异的主因。通过IR区的扩张与收缩研究，可以获悉导致相关基因拷贝数的变化，或者导致边界区域假基因的产生...
在此项分析中引入了另外三种NCBI已公布的橄榄叶绿体基因组(O. europaea subsp. laperrinei (MG255765.1), O. europaea subsp. guanchica (MG255764.1), and O. europaea subsp. maroccana (FN998900.2))作为参考分析,发现六个品种中基因线性排列顺序并未发生变话(图2)。3号品种rps16和trnQ-UUG两个基因间存在...
1.叶绿体是生物能量代谢的中心,叶绿体基因组变异可能影响光合作用和能量转换效率,进而影响生物的生长、发育和繁殖。 2.通过分析叶绿体基因组变异,可以研究不同生物对能量代谢的适应性变化,这对于理解生物在极端环境中的生存策略至关重要。 3.叶绿体基因组变异的研究有助于开发提高作物光合效率和能量代谢效率的育种策略,对...
有18个基因包含一个内含子(匍匐大戟的atpF基因不含内含子),两个基因包含两个内含子(clpP1,ycf3),rps12基因是一个反式剪接基因(图3)。 RNA编辑是高等植物质体基因组中基因表达最重要的转录后调控方式之一,也可以提供创造转录和翻译多样性的有效方式。分析了大戟亚属质体基因组中蛋白质编码基因(PCGs)的RNA编辑位...
影响因素分析 功能变异研究进展 系统进化分析 应用前景与挑战 未来研究方向 叶绿体基因组变异概述 叶绿体基因组变异研究 叶绿体基因组变异概述 叶绿体基因组变异的多样性 1. 叶绿体基因组变异表现出丰富的多样性,包括点突变、插入/缺失、倒位、段重复等类型。 2. 这种多样性在不同物种、不同生态条件下均有体现,反映了...
2 叶绿体基因组比较分析 2.1 长重复序列(repeat sequence analysis)分析 利用REPuter在线工具逐条基因组序列计算,大致的参考参数如下: 将多个序列的结果汇总成以下格式,下图是长重复序列的各类型个数: 下图是长重复的长度数据表格格式示意,每个样品各种重复的长度数据按列排布: ...
叶绿体具有自主繁殖的能力,其基因组是研究叶绿体发育和生长的重要课题之一。随着基因测序技术的发展和应用,叶绿体基因组的研究正在变得越来越深入和细致,本文就叶绿体基因组学及其功能分析进行一些探讨。 一、 叶绿体基因组的特点 叶绿体基因组是植物细胞中较为稳定的遗传物质,其大小比较小,一般仅为120kb左右。该基因组中...
1.5叶绿体全基因组比较及共线性分析 采用mVISTA软件(https://genome.lbl.gov/ vista/mvista/submit.shtml),选用检测基因重排和倒位的全局比对模式(Shuffle-LAGAN)[12],以光枝勾儿茶作为参考基因组,对多叶勾儿茶、枣、酸枣、枳椇、毛果枳椇、北枳椇和翼核果叶绿体全基因组序列同源性进行比较分析。采用Geneious10.2.2...
本研究拟探究囊管组植物的密码子使用偏好性,囊管组植物的叶绿体基因组基本特征及比较分析以及囊管组植物的亲缘关系,以期为后续品种改良以及开发优质种质资源奠定基础。 1材料 测序对象采自湖北省恩施市芭蕉乡(地理坐标:42°05′N,128°04′E)。经青海大学刘海瑞副教授鉴定为忍冬属蕊帽忍冬Lonicera pileataOliv. va...