可移动遗传元件注释指南 一、引言 可移动遗传元件(Mobile Genetic Elements, MGEs)是基因组中一类特殊的DNA序列,它们具有在细胞内或细胞间转移的能力。这些元件包括质粒、转座子、整合子和病毒等,对基因组的进化、基因表达调控以及生物适应环境等方面起着重要作用。为了准确理解和分析这些元件,我们需要对其进行详细的注...
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1. 可移动遗传元件检测方法 (1)转座子检测 转座子是一种能够在基因组中移动的DNA序列,可以通过PCR扩增、Southern blotting等方法进行检测。PCR扩增常用的引物为IS(插入序列)元件的端序列,Southern blotting则需要使用与转座子序列特异性的探针进行杂交检测。 (2)质粒检测 质粒通常具有复制原点、药物耐受等特征,可以...
PAI可通过各类可移动遗传元件(Mobile Genetic Elements,MGEs)进行水平转移(Horizontal Gene Transfer,HGT)。MGEs包括:质粒、整合子(Transposons)和整合接合元件(Integrative Conjugative Elements,ICEs)。ICE依据发现的宿主种类、携带功能基因的不同又可细分为很多种类。了解ICE的特征、分类,以及在不同病原菌中的分布及其功...
MGEFinder用于从细菌分离物的短读测序数据中识别可移动遗传元件,需要数据为参考基因组和所研究生物的短读(少于300 bp)测序数据。 (1)将测序数据比对到参考基因组 (2)通过搜索在相同基因组位点具有剪切(未比对)末端的序列比对==可能存在的插入位点 带有剪切末端的reads表明插入元件相对于所用参考基因组的起始位点,剪...
有机肥富含养分和有机质,施用后可提高土壤肥力,促进作物生长;然而,它们也含有高水平的抗生素,抗生素耐药菌(ARB)、ARGs和可移动遗传元件(MGEs),如转座子、整合子和质粒。这些MGEs可以促进ARGs从粪源ARB向土壤细菌的水平基因转移(HGT)。...
结果发现了可移动遗传元件的大规模母婴种间转移,通常涉及与饮食相关的适应相关基因。婴儿肠道代谢组的多样性低于母体,但具有数百种未在母亲体内检测到的独特代谢物和微生物-代谢物关联。接受常规(但未广泛水解)配方奶粉的婴儿的代谢组学和血清细胞因子特征与纯母乳喂养的婴儿不同。综上所述,本研究的综合分析扩展了...
通过对慢弧菌基因组的比较分析,作者最终鉴定得到了28个大于5kb的灵活基因组区域,其中26个区域具有明显的移动遗传元件(MGE)特征,并含有至少一个与噬菌体防御相关的基因。作者将着26个MGE定义为噬菌体防御元件(phage defense elements,PDE)。统计发现,一个...
可移动遗传元件（MGEs）加速了ARGs跨分类边界的水平转移，包括从病原菌转移到广泛的分类群。然而，目前研究仍然缺乏对污水厂流出物中的抗性组和可移动遗传元件组的充分评估。研究设计1、研究对象 2018年1月至2019年2月，从香港三个当地市政污水处理厂（ST、SWH、STL）每月组织一次采样活动，对这三个污水处理厂的...
可移动遗传元件的移动方式称为转位。DNA转座子是一类可在基因组上自由移动的遗传元件，其位置移动又称为转座，最初由BarbaraMcClintock在玉米上发现，现已知广泛分布于原核和真核生物基因组。DNA转座子主要以DNA到DNA的形式进行转座，其中经典的“剪切-粘贴”机制主要通过转座子自身编码的转座酶将转座子从...