1. 可移动遗传元件检测方法 (1)转座子检测 转座子是一种能够在基因组中移动的DNA序列,可以通过PCR扩增、Southern blotting等方法进行检测。PCR扩增常用的引物为IS(插入序列)元件的端序列,Southern blotting则需要使用与转座子序列特异性的探针进行杂交检测。 (2)质粒检测 质粒通常具有复制原点、药物耐受等特征,可以...
通过检查母婴肠道微生物组的发展,我们发现了另一种垂直微生物组传播模式,即在细菌基因组本身没有持续传播的情况下,母体肠道细菌菌株与婴儿肠道菌株共享基因。除了与可移动遗传元件相关的功能外,977个传递的基因还编码了与碳水化合物利用、氨基酸代谢以及铁获取和储存相关的功能。因此,母婴HGT影响婴儿肠道微生物组的代谢潜...
PAI可通过各类可移动遗传元件(Mobile Genetic Elements,MGEs)进行水平转移(Horizontal Gene Transfer,HGT)。MGEs包括:质粒、整合子(Transposons)和整合接合元件(Integrative Conjugative Elements,ICEs)。ICE依据发现的宿主种类、携带功能基因的不同又可细分为很多种类。了解ICE的特征、分类,以及在不同病原菌中的分布及其功...
MGEFinder用于从细菌分离物的短读测序数据中识别可移动遗传元件,需要数据为参考基因组和所研究生物的短读(少于300 bp)测序数据。 (1)将测序数据比对到参考基因组 (2)通过搜索在相同基因组位点具有剪切(未比对)末端的序列比对==可能存在的插入位点 带有剪切末端的reads表明插入元件相对于所用参考基因组的起始位点,剪...
本文设计与开发了软件MGEFinder,用于识别插入与整合到基因组上的MGE(mobile genetic elements,可移动遗传元件)。利用MGEFinder,研究者分析了MGE在9个重要病原微生物上的分布、种类与大小等,刻画了其MGE库。同时,审查了MGE与毒力、抗生素抗性和致病性的关系。
通过对慢弧菌基因组的比较分析,作者最终鉴定得到了28个大于5kb的灵活基因组区域,其中26个区域具有明显的移动遗传元件(MGE)特征,并含有至少一个与噬菌体防御相关的基因。作者将着26个MGE定义为噬菌体防御元件(phage defense elements,PDE)。统计发现,一个...
可移动遗传元件的移动方式称为转位。DNA转座子是一类可在基因组上自由移动的遗传元件，其位置移动又称为转座，最初由BarbaraMcClintock在玉米上发现，现已知广泛分布于原核和真核生物基因组。DNA转座子主要以DNA到DNA的形式进行转座，其中经典的“剪切-粘贴”机制主要通过转座子自身编码的转座酶将转座子从...
尽管人们普遍认为噬菌体促进细菌进化,但对这些因素如何在野生环境发挥作用仍知之甚少。有鉴于此,美国麻省理工学院的Martin F. Polz和法国索邦大学的Frédérique Le Roux等研究人员,报道了可移动遗传元件的快速进化周转诱导细菌对噬菌体的耐药性。 本文要点
有机肥富含养分和有机质,施用后可提高土壤肥力,促进作物生长;然而,它们也含有高水平的抗生素,抗生素耐药菌(ARB)、ARGs和可移动遗传元件(MGEs),如转座子、整合子和质粒。这些MGEs可以促进ARGs从粪源ARB向土壤细菌的水平基因转移(HGT)。...
▲图2 15个广泛宿主范围的可移动遗传元件的菌种分布和功能 病原菌和共生的放线菌门(黄色)、拟杆菌门(绿色)、厚壁菌门(蓝色)和变形菌门(红色)之间共有的15种可移动元件。 ▼3. 广泛宿主范围的MGEs具有体外可转移性 为了实验性地验证这些MGEs的活性,研究人员使用体外接合转移试验来检测这些MGEs在不同纲或门的...