单管一步甲基化可变位点分析技术
rna-seq鉴定可变剪接位点的原理 RNA-Seq 技术通过测序RNA分子,揭示基因表达和可变剪接。在鉴定可变剪接位点时,原理是识别不同剪接变体中存在的差异性外显子。首先,从不同的样本中提取RNA,构建cDNA文库,并进行测序。然后,对测序数据进行比对和分析,找到不同样本间的差异。这些差异往往代表了不同的剪接方式,从而鉴定出...
GitHub：https://github.com/Xinglab/DARTS
RNA的可变剪接(alternative splicing)是一种复杂的生物学现象,它允许同一个基因在不同的发育阶段、分化状态或生理状态下,产生多种mRNA。这些mRNA经过翻译后,会生成结构相似但功能各异的蛋白质。可变剪接的关键在于剪接位点的识别,这些位点通常由高度通用的GU-AG序列组成,被剪接体成对识别,从而触发剪接过程。可变剪接的...
转录组数据可用于预测可变剪接事件，这是基因表达调控的重要过程之一。可变剪接是指在同一基因的转录过程中...
近日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红课题组开发了基于 Transformer 架构的多模态深度学习模型 SpliceTransformer(简称 SpTransformer),用于预测 pre-mRNA 序列中的组织特异性可变剪接位点。SpTransformer 可以用于解析组织特异性剪接变异相关的疾病,为疾病相关遗传变异提供基于可变剪接机制的全新见解。
论文散发性结直肠癌中hMLH1基因启动子区CpG岛甲基化可变位点图谱的绘制与分析姓名:***学位级别:博士专业:临床检验诊断学指导教师:**灵20061101第三军医大学博士学位论文散发性结直肠癌中hMLHl基因启动子区CpG岛甲基化可变位点图谱的绘制与分析摘要目的1.建立稳定的、可检测出目的片段中全部CpG位点甲基化状态的重亚硫酸...
请问下，我用MEGA软件计算的保守位点为832/1531， 可变位点为690/1531。保守位点和可变位点相加不是应该...
经典教材中可变剪切位点都是在外显子和内含子交界处，我最近克隆一个基因，发现mRNA中间序列部分丢失，...
剪切位点强度计算 支持suppa2, rMATS输出结果。可直接计算各位点强度得分。该软件是对MaxEntScan(http://hollywood.mit.edu/burgelab/maxent/Xmaxentscan_scoreseq.html)的一个封装。 以下举了两个例子,分别使用suppa2和rMATS的输出结果,进行计算 # 基因组序列文件 gfa=GRCm38.primary_assembly.genome.fa astk sss ...