RNA的可变剪接(alternative splicing)是一种复杂的生物学现象,它允许同一个基因在不同的发育阶段、分化状态或生理状态下,产生多种mRNA。这些mRNA经过翻译后,会生成结构相似但功能各异的蛋白质。可变剪接的关键在于剪接位点的识别,这些位点通常由高度通用的GU-AG序列组成,被剪接体成对识别,从而触发剪接过程。可变剪接的...
通常位于剪接位点附近。通过分析这些sQTLs，作者能够识别基因内的遗传变异如何影响可变剪接。
rna-seq鉴定可变剪接位点的原理 RNA-Seq 技术通过测序RNA分子,揭示基因表达和可变剪接。在鉴定可变剪接位点时,原理是识别不同剪接变体中存在的差异性外显子。首先,从不同的样本中提取RNA,构建cDNA文库,并进行测序。然后,对测序数据进行比对和分析,找到不同样本间的差异。这些差异往往代表了不同的剪接方式,从而鉴定出...
在基因Body区域,剪接位点的供体和受体位点附近碱基具有较高6mA甲基化水平,以供体位点碱基6mA甲基化水平显著高于受体位点碱基,具有较多isoforms转录本基因在供体位点6mA甲基化水平显著低于isoforms少基因;把剪接位点分为组成型和可变型发现,可变型剪切位点6mA甲基化峰值显著低于组成型剪接位点。表明剪接位点DNA 6mA甲基化程...
近日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红课题组开发了基于 Transformer 架构的多模态深度学习模型 SpliceTransformer(简称 SpTransformer),用于预测 pre-mRNA 序列中的组织特异性可变剪接位点。SpTransformer 可以用于解析组织特异性剪接变异相关的疾病,为疾病相关遗传变异提供基于可变剪接机制的全新见解。
转录组数据可用于预测可变剪接事件，这是基因表达调控的重要过程之一。可变剪接是指在同一基因的转录过程中...
大量证据表明,前体mRNA剪接过程受到基因组遗传位点密切调控,这些遗传位点被称为剪接数量性状位点(Splicing quantitative trait locus, sQTL),可导致个体间可变剪接的差异,从而影响疾病风险。然而,目前仍然缺乏对sQTLs的功能特征注释,以及对疾病遗...
北京时间2022年8月18日晚11点,Nature Genetics在线发表了杨剑团队的最新研究成果,他们开发出一款高效的RNA可变剪接遗传调控位点(splicing QTL,简称sQTL)定位新方法,绘制出迄今为止最全面的可变剪接遗传调控图谱(摘要图由格索普生物创作!),并据此鉴定出100多个与抑郁症、精神分裂、帕金森氏症、阿尔兹海默症等脑部疾病相关...
在过去的十年中,癌症基因组研究集中于导致剪接位点破坏的突变,忽略具有剪接创造潜力的突变。在这里,我们应用了一种生物信息学工具,用于在8,656个TCGA肿瘤中大规模发现剪接位点产生突变(SCMs),文章几乎没做实验。 文章概况: 通过生信工具分析,利用TCGA泛癌数据识别1,964个产生剪接位点的突变。
(多选)可变剪接( )。 A. 涉及不同的5′和3′剪接位点 B. 可以从单个基因产生多种蛋白,即添加或缺失少数氨基酸的变异蛋白 C. 与“组成型”剪接的机制完全不同