近日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红课题组开发了基于 Transformer 架构的多模态深度学习模型 SpliceTransformer(简称 SpTransformer),用于预测 pre-mRNA 序列中的组织特异性可变剪接位点。SpTransformer 可以用于解析组织特异性剪接变异相关的疾病,为疾病相关遗传变异提供基于可变剪接机制的全新见解。 相关研究以《SpliceTransfor...
本文将介绍可变剪接因子结合位点预测的相关内容,包括转录因子识别、结合位点预测、可变剪接事件预测和综合分析等方面。 1.转录因子识别 转录因子是调控基因表达的重要分子,它们可以与DNA序列中的特定区域结合,从而影响基因的转录和表达。在可变剪接因子结合位点预测中,首先需要对转录因子进行识别。常用的方法包括基于序列特征...
人类基因组盒式外显子和内含子保留的可 变剪接位点预测 生物物理第二十四卷 ACTABIOPHYSICASINICA 第五期二oo八年十月 V01.24No.5Oct.2008 人类基因组盒式外显子和内含子保留的 可变剪接位点预测 邢永强,张利绒,罗辽复 f内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021) 摘要:信使RNA的可变剪接是真核生物有别于原核...
本文主要研究的是结合二阶马尔可夫模型与支持向量机的机器学习方法在可变剪接位点预测问题上的应用,其思想是把对剪接位点的预测转化为根据其附近序列特征进行真假位点的分类.本文主要工作有: 1,从ASD与AS-ALPS可变剪接数据库中选择数据,从中挑出五种可变剪接序列的数据集,并在剪接位点上下游各取一定长度的碱基,组建...
文章对人类盒式外显子和内含子保留的一些基本特征进行了统计;根据剪接位点附近的单碱基,碱基二联体和三联体的保守性等特征,利用基于多样性指标的二次判别法,对盒式外显子和内含子保留的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测.交叉检验结果表明,盒式外显子供体端和受体端的识别精度分别达到93%,84%以上的水平;内含子...
应用该方法、装置,可预测非经典可变剪接区间的突变位点,mlcsplice的预测分数即可评判非经典可变剪接区域突变位点的致病性,这将有益于临床医生和研究人员筛选可疑的可变剪接扰乱突变位点,进而提高遗传诊断率,更好的为患者提供遗传咨询和个体化治疗。 [0007] 具体通过以下技术方案实现。
基因结构预测中的一个重要步骤是精确地识别剪接位点.基于剪接反应的基本物理原则,最大信息原理被应用到剪接反应的理论分析中,进而导出了反应自由能估计表达式.作为一个简化模型,这个表达式能被用来估计一个5′剪接区或者3′剪接区所参与的剪接反应中的自由能变化.它不但较全面地概括了各个碱基之间的关联,而且还考虑了基...
一种可变剪接扰乱突变位点的预测方法、装置、设备及介质专利信息由爱企查专利频道提供,一种可变剪接扰乱突变位点的预测方法、装置、设备及介质说明:本发明公开了一种可变剪接扰乱突变位点的预测方法、装置、设备及介质。所述预测系统包含训练好的混合模型M...专利查询请上
在可变剪接因子结合位点预测中,首先需要对转录因子进行识别。常用的方法包括基于序列特征的方法、基于机器学习的方法和基于深度学习的方法等。结合位点预测在识别出转录因子之后,需要进一步预测转录因子与DNA序列中的结合位点。结合位点是转录因子与DNA序列相互作用的关键区域,它们的预测有助于揭示转录因子对可变剪接事件的...
预测保留可变基因组人类基因组剪接位点内含子外显子外显子测序外显子捕获 生物物理学报 第二十四卷 ACTABIOPHYSICASINICA 第五期 二oo八年十月 V01.24No.5 Oct.2008 人类基因组盒式外显子和内含子保留的 可变剪接位点预测 邢永强, 张利绒, 罗辽复 f内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021) 摘要:信使RNA的可...