当前主流的细胞注释方法多聚焦于细胞峰矩阵,但这些方法往往未能充分挖掘和利用与这些峰相关的基因组序列信息。这种忽略可能导致对细胞特异性调控模式的识别不充分,限制了单细胞表型解析的深度与精度。 中山大学与重庆大学的研究人员提出了一种名为 SANGO(Single-cell Annotation by Integrating Genome Sequences around Open...
单细胞亚群手动注释步骤中详细讲了注释的步骤: 了解样品背景,大致预估样品细胞成分 收集整理marker基因 对已知细胞亚群命名 最后对未知细胞定义 人工手动注释单细胞亚群对于我们比较熟悉的样品,比如脑部、肺部、肿瘤等,在check-all-markers脚本里面,也有曾老师收集整理的系列Marker基因。 如果是这些比较熟悉的样品和细...
# 通过 SCINA 进行预测,其中 rm_overlap = FALSE 允许使用相同的基因注释不同细胞类型,这将有利于相似细胞类型的注释 # allow_unknown = TRUE 允许无法注释的细胞存在,避免强行赋予一些 low-confident 的标签 predictions.scina=SCINA(exp=expr.data,signatures=markers$geneset...
在横向比较的19种细胞类型注释器中,TOSICA综合准确性排名第一,运行时间随细胞数增加呈线性增加。值得注意的是,在规模大且细胞类型多的小鼠全组织图谱数据集和细胞类型不平衡数据集中,TOSICA的准确性分别领先第二名2%和6%。TOSICA还具有准确识别不同的新细胞类型,高灵敏鉴定过渡状态细胞,重构细胞动态轨迹,以及无需批...
大家做过单细胞的都深有体会,目前大多数的单细胞分析都依赖于手动注释,不仅耗时长、复现性又差。随着技术的进步,一些自动化注释的方法出现了,我们发现一篇比较22种单细胞自动注释的方法,特地分享给大家:来自莱顿大学计算生物学中心的Tamim Abdelaal团队在Genome Biology上发表题为:A comparison of automatic cell ident...
单一方法(single R)细胞类型注释图 组合方法细胞类型注释图 上图为细胞样本的细胞类型注释图实测数据。与市面方法鉴定相比较本专利的方法注释的细胞类型更丰富和精准。 华银康医疗 单细胞转录组项目部分结果展示 WGCNA图 拟时序变化相关基因...
对非模式物种的单细胞数据进行注释,除了利用自身物种的研究信息进行注释外,我们通常还采用同源基因转换的方法。具体的是通过基因序列的相似性,将非模式物种的基因映射到模式物种(如人类、小鼠、拟南芥)上,并借助这些模式物种的marker基因进行注释。 然而,这种方法存在明显的缺陷,因为同源转换需要一定的序列相似性和一一对应...
4. 数据分析,获得单细胞测序数据后,需要进行数据分析,包括数据清洗、细胞类型鉴定、基因表达分析等步骤。这些分析可以帮助我们理解不同细胞类型的特征和功能,以及它们在生理和病理状态下的变化。 5. 应用和意义,大鼠单细胞注释方法可以用于研究大鼠模型中不同细胞类型的功能和相互作用,有助于理解生物学过程、疾病发生机...
1、本发明的目的是解决上述技术问题,提供一种跨物种单细胞注释方法,该跨物种单细胞注释方法不会损失基因间和基因与细胞间的复杂关系信息,提高检测精度;本发明的另一个目的是提供了上述跨物种单细胞注释方法构建的模型;本发明的另一目的为提供以此方法构建的模型在提高跨物种单细胞注释精度中的应用。 2、为实现上述目...
种子发育过程中,细胞类群注释方法主要包括以下几个步骤。首先,通过单细胞转录组测序,获取种子中各个细胞的转录数据。然后,利用生物信息学分析工具对这些转录数据进行处理和分析。常见的分析方法包括聚类分析、细胞类型识别和基因功能注释等。 聚类分析是一种常用的方法,用于将转录组数据中相似的细胞分组在一起。通过聚类分...