二、常用的单细胞注释方法 1.基于基因表达的注释方法 这种方法就是看细胞里基因表达的情况。比如说,有些基因在特定类型的细胞里会大量表达,我们就可以根据这个特点来给细胞分类注释。就像如果一个细胞里有很多跟神经元相关的基因在高表达,那这个细胞很可能就是神经元细胞啦。这种方法就像是看一个人的工作技能来判断他...
单细胞亚群手动注释步骤中详细讲了注释的步骤: 了解样品背景,大致预估样品细胞成分 收集整理marker基因 对已知细胞亚群命名 最后对未知细胞定义 人工手动注释单细胞亚群对于我们比较熟悉的样品,比如脑部、肺部、肿瘤等,在check-all-markers脚本里面,也有曾老师收集整理的系列Marker基因。 如果是这些比较熟悉的样品和细...
在进行单细胞测序后,可以使用聚类算法将细胞分成不同的群集(clusters)。常用的聚类算法包括K-means、DBSCAN等。聚类分析可以将相似的细胞聚集在一起,但并不提供细胞类型的信息。 3.基于差异表达基因的细胞类型注释: 在没有计算每一个cluster的情况下,可以通过差异表达基因的分析来进行细胞类型注释。差异表达基因分析可以...
当前主流的细胞注释方法多聚焦于细胞峰矩阵,但这些方法往往未能充分挖掘和利用与这些峰相关的基因组序列信息。这种忽略可能导致对细胞特异性调控模式的识别不充分,限制了单细胞表型解析的深度与精度。 中山大学与重庆大学的研究人员提出了一种名为 SANGO(Single-cell Annotation by Integrating Genome Sequences around Open...
另一种更有效且准确的方法是进行细胞类型自动注释,即利用已标注的数据集来训练模型,然后利用训练好的模型注释新生成的数据集。目前,已有多种专为单细胞转录组数据或单细胞染色质可及性数据设计的计算方法。这些单组学注释方法可以应用于单...
4. 数据分析,获得单细胞测序数据后,需要进行数据分析,包括数据清洗、细胞类型鉴定、基因表达分析等步骤。这些分析可以帮助我们理解不同细胞类型的特征和功能,以及它们在生理和病理状态下的变化。 5. 应用和意义,大鼠单细胞注释方法可以用于研究大鼠模型中不同细胞类型的功能和相互作用,有助于理解生物学过程、疾病发生机...
细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键,传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间,再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类,最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标准,很大程度上受到研究人员偏好的影响。此外,移除批次效应的同时保留生物学差异也是单细胞研究的难点。幸而,...
本文讨论了六种方法辅助单细胞注释。另外写了一个函数一键式进行singleR注释,两句代码即可得到singleR注释结果: 自编函数和数据后台回复单细胞即可获取。 上回说到有待讨论的几个问题:见单细胞下游实战(一) 归一化时的注意事项,由于变异来源很多(包括RNA,线粒体基因,核糖体基因,...
不过慢慢地我就找到一些标志性的基因,就像是抓住了细胞类型的一个小尾巴,通过这个来判断细胞类型就准确多了。 我觉得如果要是做单细胞测序文章的细胞注释的话,首先要把数据处理好,别像我最开始那样冒冒失失的。然后多尝试几种方法,数据库、聚类分析还有参考文献一起上。要是有不太确定的细胞类型就多看看资料找找...
对非模式物种的单细胞数据进行注释,除了利用自身物种的研究信息进行注释外,我们通常还采用同源基因转换的方法。具体的是通过基因序列的相似性,将非模式物种的基因映射到模式物种(如人类、小鼠、拟南芥)上,并借助这些模式物种的marker基因进行注释。 然而,这种方法存在明显的缺陷,因为同源转换需要一定的序列相似性和一一对应...