通过堆叠小提琴图,可以直观地观察到不同细胞群或细胞类型之间基因表达的差异。比如,如果某个基因在某个细胞群中表达水平较高,在另一个细胞群中表达水平较低,那么在堆叠小提琴图中就可以看到两个小提琴图在该基因处的高度差异。 除了表示基因表达水平差异外,堆叠小提琴图还可以显示每个细胞群或细胞类型的分布范围,即...
下面是一篇文献1中的堆积小提琴图(图1),我们来模仿一下。 图1 剖析如下: 最右边的是一个对基因注释的线段图,geom_segment,geom_tile和geom_bar都可以做成这个效果。 左边是堆积的小提琴图,小提琴的填充颜色是基因平均表达量(文章有写)。 下方是对细胞类型的注释图,也是可以通过geom_segment,geom_tile和geom_b...
【小提琴图】主要用于反映原始数据的分布特征,并可以进行多组数据分布特征的比较。其主体部分形似一组垂直排列的“小提琴”,每个“小提琴”代表一个数据组。唯美的名字更值得雅致的配色与之相称,快来看看顶刊是如何给小提琴图配色的吧~上周我们分享了以渐变为主题的气泡图配色方案(科研配色『单细胞测序专栏』 | 第...
前面学习过单细胞marker基因常见的展示图一般有:点图,气泡图,小提琴图等。但是经常面临的问题是多个marker基因的同时展示,大多数paper使用的是气泡图,今天我们来测试怎么用小提琴图好好的展示。 测试数据,我们还是用pbmc4k和pbmc8k的测试数据。 先常规的合并,聚类降维等分析,因为只做测试,没去调参数的细节。 library...
今天小果想通过单细胞数据marker基因表达量数据来绘制分面小提琴图,通过小提琴图来展示marker基因在不同细胞群中的分布情况,并做了显著性分析,话不多说开始今天的分享 代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“ggplot2”)install.packages(“ggsci”)install.packages(“ggpubr”)install.packages(“rstatix”)...
质控图。图1:上图展示了单细胞测序后的质控小提琴图,其中散点代表了每一个细胞,左边的图展示了每个细胞中鉴定到的基因数(nGene)的分布情况;右图展示了去重后的UMI数目的分布。 这个质控图可以方便我们了解此次单细胞测序的基本数据分布,以 - 一起实验网于20220929发
做单细胞数据分析的时候,我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot,专门用来画小提琴图的。 我们来...
做单细胞数据分析的时候,我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot,专门用来画小提琴图的。 我们来看看这个函数的参数和使用方法 我们用Seurat单细胞绘图函数DimHeatmap中的数据来举个例子。 我们看CD3E这个基因在不同细胞亚群中的表达情况,先用默认参数...
单细胞小提琴图+箱型图 做单细胞数据分析的时候,我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot,专门用来画小提琴图的。 我们来看看这个函数的参数和使用方法 我们用Seurat单细胞绘图函数DimHeatmap中的数据来举个例子。
小提琴图(violin plot)是一种数据可视化方法,用于显示分布的形状、中心和离散度。在单细胞测序数据分析中,小提琴图通常用于表示各个细胞群体中基因表达的分布情况。每个小提琴代表一个细胞群体,宽度表示该细胞群体中基因表达水平的分布密度。 观察和解读小提琴图时,可以关注以下几点: ...