通过堆叠小提琴图,可以直观地观察到不同细胞群或细胞类型之间基因表达的差异。比如,如果某个基因在某个细胞群中表达水平较高,在另一个细胞群中表达水平较低,那么在堆叠小提琴图中就可以看到两个小提琴图在该基因处的高度差异。 除了表示基因表达水平差异外,堆叠小提琴图还可以显示每个细胞群或细胞类型的分布范围,即...
单细胞小提琴图 4BPY(OOQ%IXO29{`L}7K2%5.png ###差异小提琴图 tumor<-readRDS("tumor.RDS")df.data<-tumor@assays$RNA@data%>%as.data.frame()head(rownames(df.data))Cs<-df.data["Cs",]%>%as.data.frame()%>%t()%>%as.data.frame()Cs$id<-rownames(Cs)###提取样本id cell<-as.d...
最右边的是一个对基因注释的线段图,geom_segment,geom_tile和geom_bar都可以做成这个效果。 左边是堆积的小提琴图,小提琴的填充颜色是基因平均表达量(文章有写)。 下方是对细胞类型的注释图,也是可以通过geom_segment,geom_tile和geom_bar来完成。 最后使用pathwork进行拼图。 ps:以下代码是我想到啥写啥,代码里面...
前面学习过单细胞marker基因常见的展示图一般有:点图,气泡图,小提琴图等。但是经常面临的问题是多个marker基因的同时展示,大多数paper使用的是气泡图,今天我们来测试怎么用小提琴图好好的展示。 测试数据,我们还是用pbmc4k和pbmc8k的测试数据。 先常规的合并,聚类降维等分析,因为只做测试,没去调参数的细节。 library...
今天小果想通过单细胞数据marker基因表达量数据来绘制分面小提琴图,通过小提琴图来展示marker基因在不同细胞群中的分布情况,并做了显著性分析,话不多说开始今天的分享 代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“ggplot2”)install.packages(“ggsci”)install.packages(“ggpubr”)install.packages(“rstatix”)...
做单细胞数据分析的时候,我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot,专门用来画小提琴图的。 我们来看看这个函数的参数和使用方法 我们用Seurat单细胞绘图函数DimHeatmap中的数据来举个例子。
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小提琴图在单细胞领域应用非常广泛,能比较好的展现具体的某个基因在不同的单细胞亚群的表达量高低分布情况,如下: 每个细胞亚群都有表达 这个图说明了这个Igkc基因,在基本上每个细胞亚群都有表达,其中在编号为11的亚群尤为高表达,但是我们通常是不会选择这样的基因作为标志基因。
小提琴图在单细胞领域应用非常广泛,能比较好地展现具体的某个基因在不同的单细胞亚群的表达量高低分布情况,如下: 这个图说明了这个Igkc基因,基本上每个细胞亚群都有表达,其中在编号为11的亚群尤为高表达,但我们通常是不会选择这样的基因作为标志基因。
到这里就完成了分组情况下的对半小提琴图的绘制,geom_half_violin 该函数这种有 geom_half_boxplot ,ggbeeswarm::geom_beeswarm,geom_half_dotplot,geom_half_boxplot ,geom_half_point等多种变种,可自行尝试。单细胞数据可能不是很合适。 参考资料: https://cran./web/packages/gghalves/vignettes/gghalves.html...