首先,Monocle 2使用一种简单的、无偏的和高度可扩展的统计程序来选择具有轨迹进展特征的基因。然后,它采用了一类流形学习算法,旨在在高维单细胞RNA-seq数据中嵌入一个主图。以前的方法是通过启发式分析细胞之间的成对距离来推断分支结构,而Monocle 2可以使用这张图来直接识别发育的命运决定。我们已经通过广泛的基准测试...
1. 数据预处理 1.1 安装monocle2 如果之前没有安装过monocl2,则需要先运行以下命名,如果已经安装则忽略。 install.packages("BiocManager")BiocManager::install("monocle")install.packages("RColorBrewer")#画图配色板 1.2 加载安装包 library(monocle)library(RColorBrewer)setwd("工作路径") 1.3 读取数据 测试数据...