选择疾病-泛癌。 因为有的癌种的正常样本数不够,用GTEx数据库的正常样本补足,将TCGA与GTEx数据库联合分析。这里建议选择XENA-TCGA-GTEx泛癌数据。参数部分的类型选择-箱图/柱状图,基因输入FUNDC1。点击确认。 FUNDC1泛癌的结果就分析出来啦。保存结果,点击大图,下载pdf文档。 Figure 2 Kaplan-Meier生存曲线比较了Pr...
使用cBioPortal工具分析不同肿瘤中CENPO的突变特征,研究泛癌组织中CENPO的改变频率(图6A)和体细胞突变的亚型及分布(图6B)。接下来作者利用LinkedOmics数据库筛选CENPO基因在LUAD中的共表达基因(图6D),并针对LUAD队列中CENPO共表达基因进行GO和KEGG分析(图6E)。结果表明,CENPO可能在LUAD的细胞周期调控中发挥关键作用。
根据cBioPortal数据库,在2565例不同肿瘤患者中,有80例(3%)患者的CLDN5基因发生了改变。其中NSCLC患者CLDN5基因突变频率最高(28.26%),扩增占突变的大部分(11.82%)(图1B)(因原图清晰度较低,如需查看原图,请在公众号回复“999”获取原文)。 图1 泛癌分析中CLDN5改变 2. CLDN5在泛癌中的表达和临床病理学 作者...
5、预后分析显示，高甲基化水平的C15orf48与腺样囊性癌的短OS、PFS和DSS显著相关，而低甲基化水平的C15orf48与食管癌(ESCA)、肾透明细胞癌(KIRC)、急性髓系白血病、LGG和PRAD的不良预后显著相关(图3D)。6、C15orf48基因缺失突变与KIRC、SARC、THCA预后不良显著相关，C15orf48基因扩增与LGG、子宫肌体子宫内膜癌预...
1.采用计算机辅助的泛癌分析方法和多种机器学习算法,包括单变量Cox回归、Kaplan-Meier生存分析以及GSEA等,为理解HOXB7基因在不同类型癌症中的表达和作用提供了全面的视角。 2.发现了HOXB7与铜诱导的细胞死亡相关基因表达正相关,以及HOXB7与肿瘤微环境中免疫细胞浸润和基质成分的关系,最后体外功能实验验证,干湿结合,增加...
具体而言,PSME2 在 C2 亚型的 BRCA、LUAD、HNSC、LUSC 和 STAD 肿瘤中明显上调,表明该基因与 IFN-γ 信号传导活性之间存在功能关系。还对PSME2与免疫相关基因之间的关联进行了泛癌分析(图S10),并使用TISMO比较了体外用细胞因子处理的癌细胞系之间的PSME2表达(图S11A)以及在体内抗PD-1和抗CTLA4处理前后的样品...
单基因套路是生信发文最简单的套路了。 数据来源大多来自于TCGA等公共数据库,研究对象好找,课题多多! 由于不是每个基因都做了泛癌分析,只要是你筛到的还没做的基因,就可以拿来做! 如果泛癌分析中有感兴趣的基因,也可以拿来用做后面课题! 基因家族中,有功能已经清楚的基因,选还没做的,也可以比较容易参考思路!
正常组织、癌症细胞系和泛癌细胞中的CENPI水平 这项工作检测了GTEx数据库中非癌样本的CENPI mRNA水平。结果是CENPI在各种样品中显示出相对较低水平的广泛表达(图1A)。与正常组织相比,Depmap门户数据集中的所有癌症细胞系都显示出更高的表达(图1B)。这项工作检测了GTEx数据库中非癌样本的CENPI mRNA水平。结果是CE...
前段时间我们推出了TCGA单基因泛癌分析，其中GO，KEGG和GSEA富集分析我们是使用clusterprofiler包做的出的图有气泡图，条形图，山峦图（波浪图）和circle图 下面总结一下常见的问题 1 条形图和气泡图顺序不一样是怎么回事？条形图通过颜色和长度反应了两个指标，分别是p.adjust和count。count的意思是我们输入了300个...
今天小编为大家带来一篇单基因泛癌生信分析+简单实验验证就发表了8分+期刊的案例。文章于今年六月刚刚发表在Front. Immunol 上,题目为The Prognostic and Immunotherapeutic Significance of AHSA1 in Pan-Cancer, and Its Relationship With the Proliferation and Metastasis of Hepatocellular Carcinoma。